首都医科大学附属北京地坛医院擅长肝病中心、感染性疾病诊疗中心、皮肤性病科、小儿感染科、肿瘤诊治中心。这些学科技术力量雄厚、医疗设备齐全、医疗特色突出，可为患者提供高水平、高质量的诊疗服务。
1、肝病中心
该科室获复旦版《2021年度中国专科声誉排行榜》第十名，是集医疗优势、科研实力、教学基地为一体的新型肝病医教研防重点学科，是卫生部肝病新药临床研究基地。同时也是国内最早开展乙型肝炎抗病毒治疗耐药检测的单位之一。建立了国际化的肝病研究队伍，提高了国际影响力。
2、感染性疾病诊疗中心
是全国艾滋病临床培训基地、国家级艾滋病药物验证基地，是北京地区最大的治疗性传播疾病的专业医疗机构。在各种传染病的诊断、鉴别诊断，尤其是发热待查、腹泻待查、皮疹待查、黄疸待查、肝功异常原因待查及中枢神经系统感染等方面积累了丰富的经验。在重症传染病的抢救治疗方面有着较高的水平，在病毒性肝炎的诊治方面亦有很深的造诣。
3、皮肤性病科
是地坛医院门诊量最大、号源最紧俏的科室之一，是中国医药教育协会“损容性皮肤病临床研究中心”、中华医学会“光动力治疗研究中心”、“梅毒研究中心”等成员单位以及“国家远程医疗与互联网医学中心”皮肤影像示范建设单位。目前科室担任《中国艾滋病性病》杂志常务编委、《中国性科学》杂志编委等。
4、小儿感染科
是北京市唯一一家拥有儿科专业的传染病院，小儿感染科是医院特色专科之一，承担着14岁以下在地坛医院就诊的儿童传染病患者的门诊和病房的诊治工作，是北京市传染疾病预防治疗临床基地之一，是北京市唯一的儿童传染病专业病区，在北京传染性疾病预防控制中具有重要的地位。
5、肿瘤诊治中心
是以多种微创治疗及内科治疗为特色、医教研为一体的专业化科室，下设肿瘤内科和肿瘤介入科两个病区。拥有DSA手术室、CT介入治疗室、超声介入治疗室及肿瘤免疫治疗室，是全国肿瘤消融培训基地。主要开展诊治项目有肿瘤微波、射频、化学消融治疗，肝动脉化疗栓塞术（TACE）等，实现精准定位、精确治疗，达国内领先水平。