呼和浩特市蒙医中医医院擅长的科室有肺病科、脾胃病科、中医脑病科、蒙医心病科、针灸科等。
1、肺病科
呼和浩特市蒙医中医医院肺病科，擅长运用纯蒙药治疗各个系统的疾病。包括呼吸系统，如急慢性及喘息性支气管炎 、阻塞性肺气肿、肺心病、支气管哮喘以及急慢性鼻炎、鼻窦炎、咽喉炎、扁桃体肿大（炎）；骨关节疾病，如颈椎病、腰椎间盘突出症、肩周炎、腰腿痛、骨质增生等；消化系统，如急慢性胃炎（溃疡）、消化不良、肝硬化腹水、小儿厌食症、便秘等。4、其它疾病：失眠、痛经、月经不调、乳腺增生、痤疮、黄褐斑等。
2、脾胃病科
呼和浩特市蒙中医院脾胃病科，在脾胃疾病方面的治疗上积累了很多行之有效的方法方药。拥有幽门螺旋杆菌检测仪、电子胃、肠镜和十二指肠镜、高频电刀治疗仪、息肉电凝电切器等市内先进的诊断、治疗设备。学科坚持突出中医特色，与现代化诊疗技术相结合，重视继承发扬名医名家学术思想，致力于创新，对胃肠肝胆胰腺病，如慢性萎缩性胃炎及癌前病变、胃食管反流病等积累了丰富经验，疗效显着。
3、中医脑病科
呼和浩特市蒙中医医院中医脑病科，制定了脑梗死、高血压、短暂性脑缺血发作等疾病诊疗常规。治疗以脑血管病、神经变性病（痴呆、帕金森病、运动神经元病等）和失眠为主攻方向，病种涵盖所有神经系统疾病和神经心理疾病及心血管疾病。脑病科坚持“突出中医特色，中西医结合为主，一切为了病人”的理念，强化专科特色。
4、蒙医心病科
呼和浩特市蒙医中医医院蒙医心病科是自治区重点专科，是蒙西医结合心血管病诊疗科室，拥有一支医德高尚的医疗队伍，为患者提供较好的医疗服务。科室在实际工作中注重蒙药的传承与创新，发挥学科带头人作用，先后申报呼和浩特市科技创新项目及内蒙古自然科学基金-科研课题六项并荣获呼和浩特市科技局科研项目，对国际蒙医药事业的发展做出了应有的贡献。
5、针灸科
呼和浩特市蒙医中医医院针灸科，在治疗中风、面瘫、颈椎病、腰椎病中突出中医药优势提高临床疗效。通过临床实践，科室在中医药治疗中风（脑梗塞 脑出血恢复期及后遗症期）、面瘫（面神经炎 面肌痉挛）以及颈、腰椎病疾病方面，不断总结临床经验，优化诊疗方案，形成了具有中医特色，发挥中医优势，拥有现代医学先进诊疗经验的诊断治疗体系。擅长中药、针灸并施治疗偏瘫、面瘫、心绞痛、心肌缺血、心肌炎等疾病。