湖南中医药大学第二附属医院擅长肛肠科、皮肤科、骨伤科、妇科、耳鼻喉科等。上述科室学科综合实力领先，临床专科诊治优势突出，能够为患者提供优质的医疗服务。
1、肛肠科
湖南中医药大学第二附属医院肛肠科为国家临床重点结肠直肠肛门病专科、国家临床药理研究基地、全国肛肠学会的副会长单位、湖南省肛肠疾病防治研究中心、省重点学科、省精品课程、省中医药学会肛肠专业委员会的主任委员单位，是我国肛肠疾病的医疗、教学、科研与人才培训基地之一。
2、皮肤科
湖南中医药大学第二附属医院皮肤科是国家卫健委中医临床重点专科、重点学科，中华医学会皮肤科分会银屑病专病门诊、中国中西结合学会皮肤性病专业委员会痤疮诊疗示范基地、中国中西结合学会皮肤性病专业委员会湿疹诊疗示范基地、湖南省教育厅重点学科、湖南中西结合皮肤病专科医联体牵头单位、湖南省中西结合皮肤病区域诊疗中心。
3、骨伤科
湖南中医药大学第二附属医院骨伤科是国家临床重点专科，是以“孙氏正骨”为主，集医疗、教学、科研为一体的较为全面的省内龙头科室，是中华全国中医学会骨科分会和全国高等中医药院校骨伤研究会理事单位，湖南省中医药学会骨伤科专业委员会和湖南中医药大学外伤研究所挂靠单位。2007年被国家中医药管理局批准为“十一五”重点专科建设单位。
4、妇科
湖南中医药大学第二附属医院妇科是国家卫健委临床重点专科、国家中医药管理局临床重点专科、国家中医药管理局“十一五”“十二五”重点专科建设单位、全国名老中医药谢剑南教授学术思想传承工作室建设单位。该科室技术力量雄厚、医疗设备齐全。
5、耳鼻喉科
湖南中医药大学第二附属医院耳鼻喉科，是国家中医药管理局重点专科、湖南省教育厅重点学科、全国最早的中西医结合耳鼻咽喉硕士授予点。科室技术力量雄厚，医疗设备齐全，医生技术精湛，不仅能熟练开展耳鼻喉的各种手术，还拥有许多疗效确切的传统中医治疗方法。此外，还研制了多种疗效突出的自制药。