重庆市人民医院擅长的科室有心血管内科、过敏反应科、消化内科、神经内科、检验科等。
1、心血管内科
重庆市人民医院心血管内科是重庆市临床重点专科、重庆市心肺血管疾病研究所、国家心血管疑难重症诊治能力提升工程建设项目重要组成科室。在上世纪六十年代初，由一大批国内知名专家在重庆市首创建立的二级分支专科，是重庆市最早开展心脏介入治疗技术的科室，在西南地区具有较高声誉。
2、过敏反应科
重庆市人民医院过敏反应科经过多年努力，已成为医、教、研于一体的综合性科室。2018年4月份正式获批国家临床重点专科，在医、教、研等方面上了新台阶，已经连续两年进入复旦大学全国专科排行榜专科声誉提名。目前过敏反应科是西部地区唯一的过敏反应国家临床重点专科，同时是中华预防医学会过敏病预防与控制专委会副主委单位、中国医师协会变态反应分会常委单位、中国医院协会信息管理专委会常委单位、中华医学会变态反应分会委员单位。
3、消化内科
重庆市人民医院消化内科为重庆市消化专业重点专科，是国家规培生培训专业基地，为重庆医科大学、西南医科大学等高校实习基地，是集医、教、研一体的消化系统疾病综合诊疗专科。多年来学科对消化系统常见多发疾病的诊治形成了一套严谨、规范的工作制度，对消化系统危重急病及疑难杂症诊治经验丰富。
4、神经内科
重庆市人民医院神经内科由两江院区神经内科和三院院区神经内科单元组成，是重庆市临床重点建设专科，是承担国家脑防委基地医院任务学科。发表论文160余篇，其中SCI文章67篇，总影响因子296.23分，主编专著4部。
5、检验科
重庆市人民医院检验科是集医、教、研三位一体的现代化医学模式的检验科，拥有一流现代化的大型检验设备和高质量的检测方法，是国家临床重点专科，检验质量控制措施得到全面贯彻，坚持各项目的室内控制，并在国家卫生部临床检验中心开展的全国室间质量评比及重庆市临检中心开展的室间质量评比中，生化、临检、免疫、微生物等连续获得优秀成绩。