深圳市第二人民医院擅长的科室有神经外科、骨科、口腔科、耳鼻咽喉科、烧伤整形科等，这些科室设备齐全、技术力量雄厚，可以为患者提供高水平的治疗。
1、神经外科
深圳市第二人民医院神经外科是国家临床重点专科。已成熟开展中枢神经系统各部位的肿瘤切除包括颅底、鞍区、脑干、颈髓等重要部位肿瘤切除术以及神经内镜微创手术。全面开展了脑血管病的显微手术和介入治疗，脑动脉瘤开颅夹闭术及脑血管畸形的手术切除等复杂手术等，其中神经内镜微创手术技术已达到国内先进水平。
2、骨科
深圳市第二人民医院骨科是国家临床重点专科。以数字化骨科、关节周围骨折、骨不连、肢体畸形矫正、肢体功能重建的治疗和研究为重点发展方向。主要治疗各种类型四肢骨折、慢性骨髓炎感染性骨不连、肢体畸形、肢体功能障碍等。其中在应用骨科机器人导航的骨折微创内固定、数字化骨科技术在关节周围骨折治疗的应用、骨搬运技术治疗感染性骨不连、矫形器肢体功能重建等方面的临床和科研水平，已达到国内先进水平。
3、口腔科
深圳市第二人民医院口腔科是广东省重点临床专科、深圳市优势重点专科，设有口腔正畸科、修复科、牙槽外科和种植门诊等临床科室。其正畸组开展直丝弓矫治技术、自锁托槽矫治技术以及微型钛钉正畸骨支抗技术等，在深圳地区处于领先地位。口腔科病区是一所现代化的口腔住院病房，专业技术精湛、医疗设备先进，在唇腭裂的综合序列治疗方面，构建了唇腭裂患者大样本数据库，成功申报并荣获唇腭裂方向深圳市科技进步一等奖。
4、耳鼻咽喉科
深圳市第二人民医院耳鼻咽喉科是省高水平临床重点专科。可开展耳鼻咽喉形态检查、照相、储存、打印和窥镜下微创治疗耳鼻咽喉疾病如声带小结、息肉、喉乳头状瘤、慢性鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉等，特别对早期发现鼻咽癌和喉癌提供了可靠保证。开展了三甲医院耳鼻咽喉—头颈外科技术，实现了该院耳鼻咽喉科在科学研究和临床医疗技术方面许多零的突破。
5、烧伤整形科
深圳市第二人民医院烧伤整形科是省高水平临床重点专科。二十多年来，烧伤科全体医护人员努力进取，不断提升医疗技术水平，开展实施国内外各项先进技术，攻克各种疑难病例，填补了深圳市烧伤整形方面的许多空白，开展全面部深度烧伤创面切痂植皮治疗，提出了早期用整形技术提高烧伤病人生活质量的观点。可开展危重烧伤救治、小儿烧伤救治、创面治疗、瘢痕治疗、各种整形与美容手术等。