南京中医科医院排名比较靠前的是江苏省中医院、南京医科大学第一附属医院、南京鼓楼医院。
江苏省中医院中医科中医特色疗法丰富，专病门诊体系完善，学术影响力广泛。南京医科大学第一附属医院中医科是全国综合医院中医药示范单位，门诊量居全国综合医院中医内科首位。南京鼓楼医院中医科为省级临床重点专科，多项特色针灸技术国内领先。
1.江苏省中医院 中医科
江苏省中医院中医科集医疗教学科研于一体，拥有博硕导师及高学历人才团队，开展督脉灸、小针刀、穴位埋线等数十项中医特色非药物疗法，开设慢性疼痛、哮喘康复等多个专病门诊。科室承担高校教学与研究生培养任务，参与多项课题研究，出版多部专著，发表多篇SCI论文，担任多个国家级省级中医药学会重要职务，诊疗影响力持续扩大。
2.南京医科大学第一附属医院 中医科
南京医科大学第一附属医院中医科是全国综合医院中医药工作示范单位、国家药物临床试验机构，设四大特色亚专科，汇聚多名省名中医及国务院特殊津贴专家，学科带头人入选省级中医药领军人才。科室承担国家级省级科研课题，获多项省市科研成果，为南京医科大学中西医结合研究所挂靠单位，中西医结合诊治疑难杂症实力突出。
3.南京鼓楼医院 中医科
南京鼓楼医院中医科是江苏省综合医院临床重点专科及中医质控中心，为多所高校硕博士培养点，拥有省市级名中医及高学历医师团队。科室开展麦粒灸、八髎穴深刺等多项特色技术，在胃肠功能障碍、肿瘤调理、神经损伤治疗等领域优势显著，承担多项国家自然科学基金课题，获省市中医药科技进步奖，诊疗范围覆盖多系统疾病。
4.东南大学附属中大医院 中医内科
东南大学附属中大医院中医内科是江苏省综合医院示范中医科、中医内科学硕士授予点，拥有高学历及硕导人才团队，主持多项各级科研项目，发表多篇学术论文。科室擅长失眠、肿瘤、心脑血管疾病、脾胃病等病症的中医调治，运用智能通络治疗仪、TDS经络检测等技术，在亚健康及体质调理方面形成独特诊疗优势。
5.南京市第一医院 中医科
南京市第一医院中医科为一级临床科室，下设中医与针灸专科，高职称及硕博学历人员占比高。科室以系统祛湿法为特色，擅长调理功能性胃肠病、肿瘤、失眠等病症，针灸科开展雷火灸、小针刀等多种疗法，在面瘫、颈肩腰腿痛治疗上效果显著，常年开展冬病夏治三伏贴项目，针对虚寒性疾患调理经验丰富。
