北京男科医院排名靠前的是中国人民解放军总医院、北京大学第一医院、北京协和医院。
中国人民解放军总医院泌尿外科（男科亚专科）是全军全国领先、国际一流的泌尿外科中心，配备达芬奇机器人等国际先进设备，男科疾病与泌尿专科协同诊疗水平国内顶尖。北京大学第一医院男科中心由郭应禄院士领衔创建，国内顶尖男科专病中心，男科全病种诊疗与科研创新能力居国内引领地位。北京协和医院男科是泌尿外科传统核心专业，在前列腺炎、男性不育等领域的基础与临床研究达国内外先进水平。
1.中国人民解放军总医院 泌尿外科（男科亚专科）
为全军全国领先、国际一流的泌尿外科中心，设男科亚专科为六大核心亚专科之一。拥有国家杰出青年基金获得者等顶尖人才，海南分部配备达芬奇机器人、绿激光系统等先进设备，男科与前列腺外科协同，擅长前列腺疾病、男性性功能障碍、生殖系统疾病的微创诊疗。
2.北京大学第一医院 男科中心
由郭应禄院士倡导创建，集医教研于一体的国内顶尖男科专病中心，为北京大学博士点和博士后流动站，承担全国泌尿男科医师继续教育任务。以郭应禄院士、朱积川教授等知名专家为核心，诊疗范围覆盖婴幼儿至中老年男性全生命周期生殖健康问题。
包括性功能障碍、男性不育、前列腺疾病、生殖器官畸形等全病种。配备国际先进的诊断与治疗设备，搭建基因芯片等高端科研技术平台，与多国顶尖院校建立合作实验室，致力推动中国男科学达世界先进水平。
3.北京协和医院 男科
为泌尿外科传统核心专业，由刘国振教授创建国内最早的男科学专业，是国内男科学发展的重要发源地。科室深耕前列腺炎、男性不育、性功能障碍、男性更年期综合症、男性性腺发育不良等领域，开展全面的基础与临床研究，诊疗水平达国内外先进水平。
学科带头人李宏军副教授为《中华男科学》副主编，发表相关论文数十篇，主编多部男科专业专著，依托协和疑难重症诊疗优势，为各类复杂男科疾病提供精准诊疗方案。
4.北京大学第三医院 男科
为医院特色专科，设男性健康门诊、专家门诊及配套检查室、实验室、手术室，诊疗范围覆盖男性不育、性功能障碍、性传播疾病、前列腺疾病等男性生殖系全病种。临床诊疗经验丰富，配备先进实验室设备，可开展多项男性生育能力检测项目，在全国学术界具有重要影响。
科研上聚焦勃起功能障碍、睾丸生精障碍、精子处理技术等方向取得多项成果，教学上培养多名男科研究生及大批全国男科医师，学科影响力辐射全国。
5.北京大学人民医院-泌尿外科（男科组）
为卫生部、教育部双重点学科，设男性健康管理研究所，男科组为科室核心亚专科之一，男科及腹腔镜微创技术达国内先进水平。依托科室雄厚的泌尿外科诊疗实力，男科组擅长男性前列腺疾病、性功能障碍、生殖系统疾病的诊疗，与泌尿系结石、肿瘤等亚专科协同开展综合治疗
。科室拥有高学历、高职称的专业团队，在男科疾病的微创诊疗方面积累丰富经验，同时依托科室强大的科研实力，推动男科诊疗技术与设备研发的协同创新。
