巨野县人民医院肛肠外科位于病房楼12层东侧，现有副主任医师2名，主治医师1名，住院医师1名。科室多次选派业务骨干前往北京市肛肠病医院、山东省中医药大学附属医院、中国中医科学院北京市广安门中医院研修、深造。

科室配置了乙状结肠镜、肛肠治疗仪、熏洗仪、大肠灌洗仪等先进设备。治疗各种类型内痔、外痔、混合痔、肛裂、肛周脓肿、肛瘘、结直肠息肉、直肠前突、直肠脱垂、直肠阴道瘘、藏毛囊肿、结直肠炎、肛窦炎、肛管炎、出口型便秘、肛门皮肤病等疾病。尤其复杂性肛瘘、复杂性肛周脓肿、藏毛囊肿等复杂性手术一期治愈率高，各类肛肠微创手术达到市内先进水平。获菏泽市科技成果三等奖1项，参编著作4部，实用新型发明专利5项，论文10余篇。