上海市第六人民医院眼科，是全国最早获得通过的三级甲等医院之一。建国后，由国内现代眼科学奠基人之一的著名眼科专家、一级教授周诚浒担任成第六人民医院眼科首任主任。历任中华医学会眼科学会副主任委员，中华医学会上海分会副会长、《中华眼科杂志》副总编辑等职。在沙眼、近视眼防治及眼底疾病诊疗等方面开展有引领性的工作；所作《论上海沙眼的预防》工作，在1958年代表中国出席在埃及召开的第一届亚非眼科学术会议交流，提出近视眼的"调节紧张学说"和真性、假性、中间性的分类，编写的眼底病学讲义是对眼底病的实践总结，在国内外医学界享有很高的声誉。在卫暄教授主持科室工作期间，上海市第六人民医院眼科是上海地区率先引进并最早运用眼底荧光血管造影（1985年）和视觉电生理（1987年）技术对眼底疾病进行诊断的医院；并在80年代多次举办全国性的眼底荧光血管造影学习班，将这些技术向全国各级医院眼科推广，并在少见、疑难眼底疾病诊疗工作方面做出突出成效。早在1965年起，上海市第六人民医院眼科就在杨冠教授的带领下长期致力于激光技术在眼科的应用研究，与中科院上海光机所共同开发研制国产视网膜激光凝固器，首先将激光用到了眼底病的治疗上；参与了红国内宝石激光（1970年）和铜蒸气激光（1991年）的研制，两次获得上海市科技成果奖；同时也是国内较早开展外路视网膜脱离复位手术的医院之一。
80年代中期，在陈国辉教授的带领下着重开展了眼眶及眼睑整形的工作，1994年率先在上海市将国产羟基磷灰石（hydroxyapatite，HA）义眼座应用于眼窝畸形修复取得很好的效果。同时，眼科也是上海最早开展白内障超声乳化术和准分子激光手术治疗的单位之一。进入2000年吴强教授作为学科负责人，推动了眼科在医教研各项工作的建设，并取得长足发展；先后获硕、博士研究生培养资格，获批住院医师规范化培训及专科医师培养基地资格；历任中国医师协会眼科分会委员，中华医学会眼科分会白内障学组委员，上海医学会眼科分会白内障学组组长，上海医师协会眼科分会副会长，《中华眼科杂志》编委等职；获第三届“仁心医者˙上海市杰出专科医师奖”荣誉称号；先后开展了多项白内障及糖尿病视网膜疾病的临床基础研究，参与了11项中国白内障相关诊疗的专家共识制定；
目前眼科已发展成为一个集医疗、教学、科研于一体的综合性独立科室。现有医技人员30人，其中在职的主任医师3人，副主任医师7人；具有博士学位者15人，硕士学位者11人；博士生导师1名，硕士生导师2名。全科住院床位40张，拥有独立眼科手术室和多间眼科功能检查室，年门诊量逾12万人次，年手术量3500人次，医疗各项主要业务指标及科技量值居上海市同行前列。已发展有白内障、眼底病、眼视光三个特色亚专业；疾病诊疗还包括：青光眼、眼表及角膜病、眼外伤、斜弱视、葡萄膜炎、视神经、眼睑泪道及眼眶疾病等。
眼科白内障特色专科，自1995年开展白内障超声乳化手术技术应用以来，年手术量超过1800余例，专业技术发展居国内先进行列；作为专家成员单位之一，参与了11项中国白内障相关诊疗专家共识制定；同时紧随国内外前沿发展，先后开展多项新技术的应用：表面麻醉下的白内障摘除、劈核技术及冷超声技术的应用，各种小瞳孔下白内障摘除、晶状体半脱位及全脱位摘除术复杂白内障、合并眼底疾病的白内障摘除联合后段玻璃体切割手术，数字图像导航下的屈光性白内障手术，如合并角膜散光的矫正、功能性人工晶体的植入应用；同时将白内障诊治的临床路径结合信息化管理，建立并实施了高效、高质量的白内障手术的日间诊疗模式，获医院批准成立了“屈光性白内障手术中心”，推动了眼科白内障诊疗的高质量、高水平的发展。。
眼视光专业自1997年建立屈光矫治中心，开展了准分子激光治疗矫正近视、远视、散光等屈光不正，年手术量约500例/1000眼。同时作为上海市青少年近视防控基地主要医疗机构之一，积极开展及承担了大量的社区及校园区青少年的近视防控工作，每年承担上万名青少年视力健康筛查工作；同时还开展了医学验光、斜视矫正及弱视的治疗。
2002年眼科与全国重点学科—六院内分泌代谢科联合成立了糖网病临床诊治中心，开展了专项针对糖尿病视网膜疾病变发生机制及干预的基础及临床研究，获多项国家自然基金项目及上海市科委重大项目研究资助，研究发现了多个糖尿病视网膜疾病视神经细胞保护的靶点，为糖尿病视网膜疾病视神经保护的防治提供了具有较高科学价值的依据；同时集先进的检查（OCT、眼底拍照、FFA、ICG、视觉电生理）、及治疗（视网膜激光光凝治疗、抗VEGF治疗、玻璃体切割手术治疗），建立了糖尿病的规范化诊疗体系；2017年联合上海交通大计算机研究所，承担了上海市科委重点项目“基于深度学习的糖网病病变智能筛查与辅助诊断技术的研究”，开发了DeepDR软件，通过人工智能辅助开展了糖尿病视网膜疾病的早期筛查，并应用于上海市政府三年行动计划的“糖尿病的预防和诊治服务体系建设”及中国糖尿病并发症的筛查及“一带一路”项目推广应用，推动了糖网病的早期发现、早期干预治疗，取得了突出的社会效益。
同时学科注重加强临床结合基础及交叉学科的研究，先后获得了4项国家自然科学基金面上项目，4项国家自然科学基金青年项目，3项上海市科委、卫计委重点项目，1项上海交大医工交叉重点项目等研究项目资助；先后在国内外核心期刊发表文章共234篇，其中SCI87篇，累计影响因子总和高达389.58分。