新开元医院前身为成立于1953年的开元医院，如今的新开元医院已成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的现代化二级综合性医院，诊疗科目齐全，是厦门市医保定点医院，公务员体检定点单位。
厦门新开元医院下设厦禾院区、五缘院区。其中厦禾院区建筑面积7200多平方米。医院科室布局合理，开设内科、外科、妇产科、儿科、耳鼻喉科、口腔科、体检科、中医针灸科、医疗美容科等特色科室。汇集了能力突出、经验丰富的医疗行业精英，形成一支具有综合优势的强大团队。
妇产科
拥有一支医术精湛、医德优良的医疗护理队伍和各种尖端设备，如国际先进的宫、腹腔镜、电子阴道镜、四维彩超、高频电刀、中央母婴监护仪、分娩系统、产后康复系统等设备，为临床诊疗、保健、康复提供安全可靠的保障。除妇产科常见病、多发病的诊断治疗外，还开展腹腔镜子宫及卵巢肿瘤切除、宫外孕腹腔镜手术治疗等微创手术。
体检科
新开元医院体检科拥有先进的健康监测医疗设备和强大的医学技术人才队伍。开展各类科学健康体检套餐及个性化健康体检服务项目，拥有进口彩色多普勒超声诊断仪、动脉硬化检测仪、DR(数字化X光机)、心电图(十二导联)、日本进口生化仪、法国MEDI骨密度测量仪、乳腺红外线扫描仪等设备优势。
口腔科
集口腔医疗、口腔保健、口腔美容于一体的专业口腔诊疗机构。拥有国际领先的全套西门子SIRONA系列、口腔内窥镜、德国ITI种植系统、超声波洁牙系统、瑞士EMS牙周治疗仪、进口数码全景牙片机等各种进口高档诊断及治疗设备。目前牙周手术治疗、烤瓷牙、全瓷冠、瓷贴面、美学种植体等多项技术已达国内先进水平。
内科
以治疗心脑血管病、呼吸、肝病、肾病、内分泌等疾病为重点，现有黄景仁、吴慧贞等多名高年资医师，临床经验丰富，在心内科常见病如高血压、冠心病、风心病、心律失常、心力衰竭等方面具有独到的诊疗方法，对内科常见病、多发病及各种疑难杂症形成了一套行之有效的治疗方案。
耳鼻喉科
在国务院特殊津贴获得者陈仲胜主任的带领下，一直至力于耳鼻喉疾病的治疗和研究。能够将低温等离子技术与医学技术有机结合，在治疗鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉、耳聋耳鸣、耳源性眩晕症、分泌性中耳炎、咽炎等疾病上积累了丰富的临床经验。科室斥巨资引进S?P过敏神经免疫技术、低温等离子超微水融术、听力重建术+鼓室成型术、德国功能性鼻内窥镜止血术等先进技术，能根据各种耳鼻喉病情提供多样化、人性化、全方位的治疗方案。
针灸理疗科
以中医理论为指导，中医经络为主体，坚持传统医学与现代医学相结合，以针刺、整脊、针刀、埋线为主要手段，辅以艾灸、拔罐、推拿、放血、穴位帖敷、耳针、穴位注射等中医特色疗法及电脑中频、三维牵引等物理治疗设备治疗颈肩腰腿痛、面瘫、急慢性扭伤、带状疱疹、肥胖症、中风后遗症、骨关节炎。小儿推拿治疗食积、免疫力低下、感冒等小儿常见病。
外科
拥有一支技术精湛的医师团队，医疗设备齐全，为本市及周边地区急、危重症的外伤患者提供优质医疗保障。手术均由经验丰富的主诊医师亲自主刀，手术操作娴熟，经验丰富，效果良好。目前已建立起一套完备、高效的诊疗流程，断指(趾)再植、手指再造、血管神经肌腱操作修复、手足整形等手术治疗方面有独到之处，备受同行认同和患者的称赞。
儿科
具有非常丰富的儿科疾病诊治经验，对各种小儿肺炎、小儿腹泻病、小儿哮喘、新生儿黄疸等常见病、多发病形成一套完整成熟的诊疗体系，治疗方法先进，诊疗效果显着。现有先进的新生儿辐射台、温箱、蓝光治疗仪、小儿心电图监护仪及微量注液泵等，为患儿得到良好的治疗提供了可靠的医疗设备保障。