青岛市市立医院呼吸科（呼吸与危重症医学科）在本部和东院均设有科室：
本部呼吸科（呼吸与危重症医学一科）
本部呼吸科（呼吸与危重症医学科）1998年从大内科分离成立一级科室，为山东省临床重点专科、青岛市B类学科，现有床位41张，医护人员30人，其中硕士生导师1人，博士1人、硕士10人，副主任医师3人。拥有全套先进的电子支气管镜、肺功能、有创/无创呼吸机等设备
诊疗范围包括呼吸系统常见病、多发病及各种疑难杂症的诊治，特别是在重症复杂感染、曲霉菌病、支气管镜下治疗等方面有着独到经验和技术。目前该科拥有全套先进的电子支气管镜、荧光电子支气管镜等设备，在早期肺癌的发现、重症肺炎治疗方面以及疑难杂症的诊断方面达到国内先进水平。
目前承担多项市级科研课题，曾多次获得青岛市科技进步奖，先后多次在国家级医学期刊上发表重要论文，在青岛学术界有重要影响。负责青岛大学医学院本科教学及呼吸专业研究生的培养工作，培养出了多名医学硕士人才。每年接收培养进修医师多名。是国家临床药师培训基地，多次承担大型药物临床实验。多次举办省级继续教育学习班。
近年来，该科多人先后赴德国、奥地利、韩国等国进修学习。
2010年科室服务品牌“爱呼吸”获青岛市卫生系统优秀服务品牌称号。
东院呼吸科（呼吸与危重症医学一科）
东院呼吸科（呼吸与危重症医学一科）为山东省临床重点专科、青岛市卫生专业B类重点学科科，成立于2002年，为东院最早成立的专业科室，现有医护技研人员50余人，其中博士生导师1名，硕士生导师2名，主任医师2名，副主任医师4名，博士2名。青岛市拔尖人才1人。青岛市知名专家1名。该科多人先后赴德国、美国、加拿大进修学习。
科室拥有普通病房2个（核定床位80张）、呼吸重症监护室（RICU）1个（5张床位）、肺功能室1个、支气管镜室1个，拥有呼吸机、气管镜检查和介入治疗设备、肺功能仪等先进设备。常年收治肺炎、哮喘、COPD、肺栓塞、肺癌、肺间质病、慢性呼吸衰竭、ARDS、胸腔积液、气胸等呼吸系统疾病，擅长经支气管镜介入治（经支气管镜支架置入术、冷冻治疗、高频电凝治疗、氩气刀治疗、TBNA、TBLB等）。
科室以哮喘、肺癌和呼吸危重症为学科特色，最早设立专业的哮喘门诊和戒烟门诊；对慢性肺病患者进行跟踪管理；年门诊量均超过2万人次，每年收治来自全省各地的患者2000余人次，每年抢救危重症病人500余例。
东院呼吸科是国家临床药物研究单位，承担多项国际多中心研究。多年来在国内外刊物及会议上发表各类论文百余篇，承担多项国家级、省市级科研项目。获山东省科技进步三等奖2项、山东省医学科技三等奖2项、山东省保健科技协会科技奖一等奖1项、青岛市科技进步二等奖2项、三等奖1项（均为第一位）。
东院呼吸科是博士研究生及硕士研究生培养基地，招收青岛大学、大连医科大学、潍坊医科大学和泰山医学院等多家大学的研究生。
东院呼吸科（呼吸与危重症医学二科）
青岛市市立医院东院呼吸中心东院呼吸与危重症医学二科是山东省重点临床专科、青岛市重点学科、青岛市创新型班组。开放床位46张，每年收治各类呼吸系统疾病病人2000例。科室拥有医护人员共30余人，其中博士1人，硕士5人，具有正高职称者3人，副主任医师1人，主治医师3人、主管护师4名。
科室拥有气管镜、胸腔镜、呼吸康复、肺功能检查、睡眠监测等设备，以慢性肺病的综合管理、胸部肿瘤的介入诊治和疑难病诊断为科室特色，率先开展慢性肺病康复、肺病现场快速诊断、肺结节多学科会诊机制、慢性肺病的影像学分析等服务，胸腔镜诊断、气管镜诊治在岛城处于领先地位。
科室重视科研及教学，承担国家自然基金项目和省市各级科研课题，主编完成著作3部。近年于国内核心期刊发表论文50余篇，培养研究生、住院医师20余名。近年加强与国内外合作，先后派遣4人到美国、韩国、丹麦，多人多次到国内著名他医院学习先进的诊疗技术。
聘请上海交通大学附属第一人民医院周新教授和李强教授为客座教授，成立“青岛-上海肺部疑难病、少见病会诊中心”。
作为青岛市创新型班组，倡导临床创新，结合国外先进经验推出多项创新性服务，强调落实国际标准规范。针对我市常见的慢性肺病——哮喘和慢性阻塞性肺病开展规范管理流程，参考国际和国内诊疗规范，建立完整的康复和随访系统，明显提高患者生活质量和控制水平。
针对胸部肿瘤，以多学科会诊平台，实施以早期诊断+最优治疗为核心的科学诊治模式，明显提高患者生活质量和生存期。针对我市疑难病与国内顶尖医院建立定期远程会诊机制，建设青岛市疑难病会诊中心，提高岛城呼吸系统疾病的诊治水平。