厦门医学院附属第二医院眼科具有一支高素质的医师队伍，目前在职主任医师1人、副主任医师2人，具有硕士学位者3人。年门诊量近三万人次。科室现设眼科诊室3个、验光配镜室1个、大型综合仪器检查室1个、治疗室2个、候诊检查室1个、激光治疗室1个及研究室1个。另设有住院部，共设床位6张。科室现拥有一系列先进仪器设备，含超声乳化治疗仪、手术显微镜、全自动视野计、眼科A/B起、非接触式眼压计、视电生理、免散眼底照相机、同视机裂隙灯、电脑验光仪、半导体眼底激光、直接及间接眼底镜、手持电脑验光仪、光学相干断层扫描仪(OCT)、角膜地形图仪。科室主要开展业务有超声乳化治疗白内障、眼底病，和青光眼、眼外伤泪道疾病、眼部炎症、角膜病，以及青少年及儿童近视医学验光配镜、低视力筛查及防治儿童斜视和弱视的综合治疗，还有眼部整形美容，如双眼皮成形术、内歌赘皮矫正术、上脸下垂矫正术、脸裂开大术、眼袋切除术+脂防重置、提眉手术、泪腺脱垂矫正术、眼脸松驰矫正术、脸内外翻矫正术、内外毗成形术等)、面部美容维合、眼部肿物治疗等。对各种眼部疾病进行全方位的诊治。作为厦门医学院直属教学医院，科室以讲课与临床实践相结合的方式对进修医师实施培训，承担了医学院大量医疗、教学及科研工作。