福州肺科医院儿科于2011年成立，设儿科门诊（分设呼吸门诊、过敏及哮喘门诊、慢性咳嗽门诊、感染门诊）和儿科病区，现有高级职称3人，中级职称4人，历经多年的发展，目前已形成集医疗、教学、科研一体的儿童呼吸专科，现拥有儿童哮喘标准化门诊（福建省第一批）、儿童过敏性疾病专科联盟的资质。

主要开展儿童呼吸系统常见病、多发病、疑难病症、过敏性疾病、慢性咳嗽、肺结核及肺外结核、卡介苗病等的诊治工作，全省率先开展儿童气管镜检查和介入治疗（支气管异物、球囊扩张、圈套、氩气刀、高频电刀、冷冻、EBUS-TBNA等)、气管镜下全肺灌洗、内科胸腔镜检查，同时开展婴幼儿潮气分析、儿童肺功能的检测、呼出气一氧化氮测定、过敏性疾病脱敏筛查及治疗、儿童哮喘与婴幼儿喘息的综合管理等。