厦门大学附属福州第二医院眼科开设有白内障、眼底病、屈光眼肌、青光眼、少儿斜弱视、眼表及角膜、眼外伤、眼整形等专科，以及临床医技检查、检验、医学验光配镜部等临床辅助科室，开展眼角膜移植手术、眼部肿瘤摘除术、圆锥角膜交联术、超高度准分子激光手术、玻璃体视网膜微创显微手术、同轴微切口白内障超声乳化术等高难度手术；同时科室还不断加强医疗队伍的建设，拥有一批国内外知名的眼科专家，目前已拥有中高级职称医生24人，初级职称医生5人。

科室投巨资引进最好的设备、最先进的医疗技术，购置了一系列国际先进的现代化眼科诊疗设备，如国际最先进的德国WaveLight鹰视FS200飞秒激光及WaveLight鹰视EX500准分子激光近视系统、 美国爱尔康infinitiozil超乳机（世界顶尖的白内障手术设备）、UBM超声生物显微镜、Lumera T手术显微镜、电生理、25G/23G玻切超乳一体机、德国OCT-4光学相关断层扫描仪、博士伦217- z100准分子激光系统等，医疗设备等硬件水平已达到省内领先地位。

科室努力提升医疗水平，并且始终严格执行卫生各项管理制度，力求做到为病人提供全方位的个性化医疗服务，为眼疾患者们带来光明。