南昌大学上饶医院眼科于2003年4月组建了江西省唯一的市级眼科专科医院，并于2011年通过省卫生厅验收，成为江西省唯一三级眼科专科医院。目前与南昌大学上饶医院实行两位一体管理。

眼科医院分设眼一、眼二、耳鼻喉、视光中心、眼特检中心、白内障、眼底病、准分子激光治疗中心等，拥有美国雷赛准分子激光仪、爱尔康全功能玻璃体视网膜手术系统、珠峰系统超声乳化仪、玻璃体切割器、综合验光仪、诱发电位视觉诊疗系统、多功能弱视矫治协调器、德国海德堡OCT、法国光太AB超仪、vitra激光机、YAG激光机、PDT激光机、日本佳能眼底血管造影仪等先进的眼科诊疗设备。多项技术达到省级或国家级先进水平。