万年县妇幼保健院主要科室设置为门诊部一楼有妇产科门诊、儿科门诊、内科门诊、疼痛门诊、外科门诊、门诊药房、门诊收费室、医保窗口，一站式服务窗口、孕产妇管理中心窗口；门诊二楼包括儿童保健科门诊、预防接种室、新生儿沐浴室；门诊三楼包括婚姻登记处、婚检科、优生优育检查科、孕妇学校、妇女保健科，出生医学证明科、心电图室；门诊四楼为行政办公室、会议室。医技楼一楼包括放射科、CT室、中西药库；二楼包括检验科、阴道镜室；三楼包括B超室、四维彩超室；四楼包括后勤物资库房、微机房。

住院部一楼包括住院部收费室、夜班收费窗口；住院部二楼包括内儿外科病区、护士工作站、医师办公室；三楼包括妇产科一部病区、护士工作站、医师办公室；四楼包括妇产科二部病区、护士工作站；五楼用于老年康复治疗；六楼为产房、无痛分娩室、手术室、麻醉科、无痛人流室。本院现有医务人员110人，技术95%，其中副主任医师5名，中级职职称医师19人，主管护师8人，医疗技师10人，执业药师3人。