江西省儿童医院消化专业成立于上世纪五十年代末,2005年单独成立消化科，消化内科是医院重点专科，国家儿童医学中心消化专科联盟成员单位，国家儿童健康与疾病临床医学研究中心-儿童消化疾病诊治协同创新联盟单位，幽门螺杆菌规范化诊治门诊-省级示范中心，省内唯一国家级小儿消化专业药物临床试验基地及医疗器械临床试验备案专业，为全省最早《轮状病毒肠炎》临床路径试点科室。

科室共有医护人员37人,其中专科医师16人，高级职称9人，北京儿童医院集团福棠儿童医学发展研究中心消化内科专业学科带头人1人，江西省卫生系统学术和技术带头人培养对象候选人2名,硕士生导师3人，博士1人，护士21人；10位医师分别在国内和省内多个学会任职；现有编制病床55张。

在省内最早开设小儿消化专科门诊（专家门诊，特需门诊），专科病房，内镜室，现有儿科胃肠、肝病、内镜、营养四个亚专业。2002年开设了胃肠镜在儿童上下消化道疾病诊治中的应用，专科年门诊量2023年达6.8万余人,住院患儿4800余人，胃肠镜检查5千余人次，内镜下治疗达300余人次。

在省内率先开展了多项新技术，从2005年以来全科共承担省科技厅及卫计委科技计划项目40余项，其中省重点研发项目1项；在国内外刊物共发表学术论文120余篇，其中SCI论文2篇；参与国家儿童消化相关疾病诊治共识和指南编写17编，发明专利2项，参编教材和书籍5本，培养硕士研究生近20名。