江西省儿童医院病理诊断成立于1981年，担负着全院的临床病理诊断、科研和教学任务及全省的儿科病理会诊工作。2002年被确立为南昌大学医学院硕士研究生培养点。科室技术力量强，具有严谨科学的工作作风和优良的医德医风。现有主任医生1人，主治医师3人，主管技师、技师等技术人员5人。硕士研究生导师1名，博士研究生1名，硕士研究生3名。主要服务项目：（1）普通病理诊断：包括所有手术切除标本、身体各个部位的粗针穿刺组织标本以及纤维胃镜、肠镜、支气管镜、直肠粘膜活检等活体组织标本，均可进行病理组织检查。（2）术中快速冰冻病理诊断：可在30分钟内发出初步的病理诊断报告，主要用于手术进行过程中的快速诊断，以确定病变的性质（如肿瘤或非肿瘤，良性肿瘤或恶性肿瘤）和肿瘤切缘残留，以及在先天性畸形疾病中确定病变的类型和范围（如两性畸形、先天性巨结肠），以决定手术方案。（3）免疫病理诊断：现已开展一百余项免疫组织化学染色：包括软组织肿瘤标记、淋巴造血系统肿瘤标记、上皮组织肿瘤标记、神经系统肿瘤标记、乙肝病毒抗原标记、免疫球蛋白、癌基因标记以及细胞增殖周期蛋白等标记。在病理诊断中用于诊断和鉴别诊断具有重要的参考价值，同时可以判断疾病的转归和预后。（4）细胞学病理：身体各部位肿块的细胞穿刺学检查和液基薄层细胞学检查（TCT）。（5）超微病理：与北京大学医学部合作应用电子显微镜，观察细胞的超微结构以及肾小球疾病、神经肌肉疾病及肝脏疾病的诊断及分类。（6）分子病理：将分子生物学技术应用到病理诊断和肿瘤预后的判断中，原位杂交：应用显色原位杂交检测乙肝病毒DNA、EBV-RAN、HPV病毒等感染因子的检测；荧光原位杂交技术（FISH）检测白血病、淋巴瘤、软组织肿瘤中融合基因、断裂重排基因及多拷贝扩增基因等分子遗传学的异常。（7）肾活检病理诊断：用于肾脏疾病的病理诊断，确定疾病类型、程度、对治疗效果的反映，包括常规组织染色、特殊染色、免疫荧光染色以及免疫组织化学染色。（8）骨髓活检病理诊断。用于确定淋巴造血系统疾病的性质、分类以及治疗效果的反映。包括塑料包埋组织检查、特殊染色以及免疫组织化学染色。（9）肌肉活检病理诊断：用于神经肌肉疾病的病理诊断，包括冰冻切片、常规组织染色、特殊染色、酶组织化学染色以及免疫组织化学染色。（10）常规开展特殊染色数十项以及十余项酶组织化学染色：包括霉菌染色、抗酸染色、幽门螺杆菌染色、网状纤维染色、Masson、PAS、弹力纤维染色、铁染色、肥大细胞染色、Gomori染色、油红O染色、ATP酶、NADH-TR、琥珀酸脱氢酶、细胞色素氧化酶、乙酰胆碱酯酶等，用于疾病的诊断和鉴别诊断以及病源学的诊断。（11）疑难病理会诊：承接本省及其他省市儿童疑难病理诊断会诊工作。科室在“先天性巨结肠术前病理诊断及根治手术研究”获1995年江西省科技进步三等奖；1999年江西省科技项目重大效益奖三等奖。《儿童散发性伯基特淋巴瘤免疫表型、分子遗传学研究》获2017年江西省科技进步三等奖。本科室三项科研成果达国内领先水平。已完成国家自然科学基金、省自然科学基金、省科技厅及省卫生厅科研课题数十项，全科近年来在SCI和国内核心期刊上发表论文60余篇。科室设备主要有：德国Leica石蜡切片机、Thermo石蜡切片机、Leica冰冻切片机、Leica全自动脱水机、Leica全自动免疫组化染色机、日本OlympsuBX51、41显微镜、日本尼康80i荧光显微镜、日本尼康80i多人共览显微镜、全自动脱水机、全自动智能染色机、全自动封片机、半自动包埋机、彩色图象分析仪、原位杂交仪等。