如东县人民医院感染性疾病科原称传染科，成立于1958年。2021年，科室被评为南通市重点专科，是南通市传染病防治联盟成员单位，乙肝临床治愈星光计划共建分中心医院（中联肝健康促进中心）。目前为医师规范化培训基地，如东县唯一取得感染性疾病诊疗资格的专业科室，坐落于如东县公共卫生中心；治疗各种感染性疾病，以肝脏疾病为特色，专门收治各种类型的病毒性肝炎、肝硬化、难治性腹水、酒精性肝病、药物性肝损伤及脂肪肝和结核病。

目前，感染科床位88张，年门诊量超1万人次，住院人次1200人次。科室共有医师11人，其中正高职称4人，中级职称4人，有硕士1人，在读研究生4人。

设有实验室：开展PCR定量法检测HBV、HCV等肝炎病毒核酸，超敏荧光PCR定量检测HBV、HCV核酸。结核实验室开展痰找抗酸杆菌、基因检测等新技术结核分枝杆菌快速分子学诊断检测(G-Xpert)，同时，在支气管镜下行肺泡灌洗、活检、治疗等。还和南京金域检验及昆山迪安检验中心合作开展HBV、HCV、基因分型检测及HBV核苷(酸)类似物常见耐药基因的检测分析、结核感染T细胞斑点试验。感染性疾病科在保持已有特色和优势的基础上，重点围绕急慢性肝病、肝硬化腹水、重症肺结核、不明原因发热的鉴别诊断等临床诊治加强学习与技术引进，与上海、南通上级医院紧密合作。