昌平区中医医院始建于1984年的昌平县中医门诊部，于1992年12月26日正式建院。建院以来，医院靠科学管理治院，以改革统揽全局，以不断创新求发展，确定了“ 以病人为中心，以质量为核心，以特色为优势 ”的办院方针，以“ 优质、高效、低消耗”为总体目标，走科技兴院之路。全院干部职工同心同德，积极进取，锐意改革，使医院的医、教、研、防各项工作均得到了全面发展和提高。1995 年6月被联合国基金会、世界卫生组织、国家卫生部命名为“爱婴医院”；同年10月，被国家中医药管理局评为“ 二级甲等中医医院”。

2009年2月成为“北京中医药大学昌平临床教学医院”，2012年9月顺利通过国家中医药管理局三级甲等中医医院的评审验收，于2012年12月以租赁方式开辟医院南院区(5000㎡)，打造以健康体检、中医体质辨识、治未病、针灸按摩、内病外治等中医诊疗技术为主的中医综合诊疗区和健康管理中心，同时建立北京中医药大学临床教学基地。

医院现有职工935人，其中高级职称90人，专业技术人员占职工总数的86%，拥有固定资产1.41亿元。设有临床科室22个，病区11个，国家级中医重点专科2个，市级重点中医2个，院级重点专科2个，中医传统科室4个，“薪火传承”老中医工作室1个，医技科室10个，药剂科室10个专业组，分院2个，南院院区1个。开设床位402张。