安徽医科大学第二附属医院病理科是与安徽医科大学病理学教研室和临床病理系为一体的安徽省综合性重点学科，担负临床病理诊断、教学、科研三大任务。现有医生23人，技术人员5人，其中教授4人，副教授及高级实验师12人，讲师（主治医师、实验师、主管技师）及技师12人。

所有医生均具有硕士及以上学历，其中博士11人，在读博士2人。病理科现配备了全自动组织脱水机、石蜡切片机、冷冻切片机、图像分析、多头显微镜、荧光显微镜等设备，能开展常规组织病理学、细胞病理学、术中冷冻病理诊断、快速石蜡病理诊断、肾穿刺活检病理诊断、疑难病例会诊、远程病理会诊、尸检、免疫组织化学和原位杂交等工作。在乳腺、消化系统、肾脏、骨组织与软骨组织等多种器官疾病的病理诊断方面有一定的专长。