普陀医院眼科是全市医疗机构最早成立的眼科，是舟山市重点学科。现有眼科医生11名，其中主任医师3名，副主任医师3名，主治医师3名，住院医师2名。2020年全市首家成立了国家级光明中心；2021年成为上海九院眼科专科联盟单位；2023年底与汕头大学·香港中文大学联合汕头国际眼科中心成立了张铭志专家工作站，每月2次安排高级职称专家来普陀医院坐诊手术；2024年加入国家眼耳鼻喉疾病临床研究中心成立的近视防控能力建设联盟。

眼科配备国际先进的美国Alcon白内障超声乳化仪、Constellation超乳玻切一体机；德国Zeiss手术显微镜、532激光、Nd-YAG激光、OCT、电脑视野分析仪、IOL-Master；日本TOPCON扫频OCTA、眼底血管荧光造影仪、全自动电脑验光仪；英国欧堡广角眼底相机；法国视觉电生理等高端设备。

开展白内障超声乳化联合人工晶体植入术、青光眼白内障联合手术、玻璃体积血、视网膜脱离、糖尿病视网膜病变、黄斑裂孔、黄斑前膜、板层角膜移植术、翼状胬肉切除联合干细胞移植术、鼻内镜下泪囊鼻腔吻合术、双径路泪道支架植入术、斜视、整形、抗-VEGF治疗等各类眼科手术。每年手术量位居全市第一，荣获舟山市新技术十余项，国家眼科专利三项。