广东医科大学附属第二医院神经外科是湛江市最早成立的专科之一。科室现有副主任医师4人，主治医师2人，住院医师2人。近年来医院各级领导高度重视神经外科的发展，不断地引进和培养人才，并与南方医科大学附属医院成立神经外科联盟，加强联系和交流，同时引进MRI、螺旋CT、大型C臂机等先进设备，为神经外科的发展奠定了坚实的基础。20世纪90年代显微外科技术兴起，神经外科即购进瑞典进口高档手术显微镜和显微手术设备，并以显微神经外科技术的发展作为立科之本，大力发展显微神经外科手术，从而提高工作了颅脑疾病的手术安全性和治愈率，降低了死亡率和致残率。近年来，科室在颅内肿瘤（包括脑胶质瘤、脑膜瘤、垂体瘤、听神经瘤等）、椎管内肿瘤、椎间盘突出、脑血管畸形的显微手术方面和高血压脑出血的个性化治疗及内镜治疗方面取得了显著成绩。通过显微神经外科手术技术，使脑肿瘤的全切率显著提高，同时显著减少了患者正常神经功能的损伤，危重患者的死亡率明显下降，取得了良好的社会效益。目前，医院还为神经外科配置了呼吸机、颅内压监护仪、各种治疗仪及康复设备，对患者术后的病情监测和平稳过渡有了更安全的保障，并且对患者早期进行神经康复治疗，帮助患者加快康复，早日回归社会。科室承担了广东医科大学的见习生、实习生的临床带教任务，动员全科医生、护士的力量参与教学，将教学内容细致化，努力达到教学医院的水平，科室坚持每一至两周进行业务学习，使科室的教学水平有了明显的提高。2002年神经外科被卫生部脑血管防止办公室研究确定为全国颅内血肿微创防治技术协作医院，2007年《高血压脑出血手术系列研究》获得湛江科技进步三等奖。神经外科每年均有多篇论文在省内外专业学术期刊及国家核心期刊发表，并在国外发表了一篇SCI论文。