甘肃省第三人民医院消化内科是医院的重要内科部门，近三十年来经过几代人的不懈努力，现已成为本院老年临床中心科室之一，也是甘肃省消化学会委员单位。承担着周边地区消化系统常见病、多发病以及疑难危重病的诊治工作。

消化科内镜中心配备有国际最先进的Olympus290电子胃镜、肠镜及14C呼气-尿素酶检验仪。目前已开展内镜下黏膜切除术（EMR）、内镜下黏膜剥离术（ESD）、息肉切除术等镜下治疗。