中国人民解放军海军特色医学中心消化内科是医院的重点科室之一，由临床部和内镜诊疗中心两部分组成。目前拥有床位50张，年收治住院病人1500人次，年门诊量20000人次。现有医护人员33人，主任医师3名，副主任医师2名，主治医师4名，拥有高学历人才硕士以上学历6名。科室先后获得上海市自然科学基金、国家中医药管理局基金和南京军区卫生专业科研基金共6项，获军队科技进步奖三等奖2项和上海市医疗成果奖2项。作为国家的“新药临床药理基地”与国内多家教学医院合作，为十余种抗肿瘤新药进行了新药临床疗效的观察。临床部：主要针对消化系统危急重症患者的抢救和治疗具有丰富的临床经验，尤其对急性重症胰腺炎、肝硬化合并上消化道出血等疾病的治疗特色明显。对消化道肿瘤的综合治疗采用：静脉化疗，超声介入、放射介入、内镜下局部缩瘤术等多种方式，明显的缓解患者的病情，改善了生活质量，延长了患者的生存时间。同时科室积极开展实体肿瘤（肝癌、肺癌等）组织间放射粒子植入（粒子刀，又称体内伽马刀）手术，已为100余名患者实施了微创手术，取得了非常显著的治疗效果，深受患者的好评。科室还开展了肿瘤（肝癌）的射频治疗和肿瘤组织的深部热疗技术，为众多肿瘤患者提供了更多治疗肿瘤的方法和机会。内镜中心：内镜诊疗中心环境舒适、洁净，设备先进，拥有进口的奥林巴斯-260和奥林巴斯-290系列电子胃镜电子肠镜各4台，十二指肠镜、气管镜各1台。拥有氩离子凝固治疗仪（氩气刀）及海博刀治疗系统等设备，配有一体化的内镜清洗消毒设备；中心拥有资深从事内镜检诊的专家教授3名，主治医师4名，与上海市中山医院、华东医院、瑞金医院、肿瘤医院等多家医院建立了内镜下微创手术合作平台，能熟练地为患者进行内镜下各种复杂疾病的手术治疗：如内镜下胃大息肉摘除、大肠息肉摘除、取异物、消化道大出血的紧急止血、食管癌狭窄的扩张、内支架置入、食管瘘支架封堵以及消化道癌肿的局部化学药物注射、化疗粒子植入、放疗粒子植入、ERCP等多种微创治疗，开展了内镜下早期胃癌或胃、结肠粘膜下肿瘤的“内镜粘膜下肿瘤剥离术（ESD）”和贲门失迟缓症的POEMS以及晚期胃癌缩瘤术等先进的手术操作。