福建省儿童医院呼吸科是福建医科大学儿科呼吸专业硕博培养点，2022年获批为福建省“省级临床重点专科”，2023年11月获得“儿童呼吸学科规范化建设项目”优良合格单位。

科室由病房、支气管镜室、肺功能室、脱敏免疫门诊所组成，开展支气管镜异物钳取、肺泡灌洗、粘膜活检、球囊扩张术等多种术式；开展肺功能全气道一氧化氮检测、全年龄段肺通气功能检查，支气管激发、舒张、运动心肺功能检测，是福建省率先开展儿童脱敏免疫集群治疗的科室。

科室已经建立儿童喘息性疾病队列研究，成为儿童哮喘标准化诊疗区域中心，年收治疑难重症病例占比24.0%，在重症肺炎、哮喘持续状态、支气管异物、呼吸衰竭、肺脓肿或坏死性肺炎、先天支气管肺(血管)发育畸形、肺泡出血症、弥漫间质性肺疾病、肺部肿瘤、肺泡蛋白沉积症，免疫缺陷性等专科疑难疾病上拥有丰富诊疗经验。

刘光华教授担任学科带头人，上海儿童医学中心呼吸科张皓主任长期派驻福建担任执行主任，现有医师19名，正高3人，中级5人，初级11人。