宁夏疾病预防控制中心作为省级疾控中心基本职责是：疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究。

中心于2002年7月由原自治区卫生防疫站、自治区地方病防治所和自治区劳动卫生职业病防治所整合组建。加挂“宁夏回族自治区地方病防治所”、“宁夏回族自治区性病艾滋病防治中心”、“宁夏回族自治区疾病预防控制科学技术研究中心”、“国家食品安全风险监测宁夏中心”牌子，是自治区继续医学教育培训基地、宁夏医科大学教学实习基地和自治区大学生校外实践教学基地。

中心有6个业务所(疾病预防控制所、慢性非传染性疾病预防控制所、公共卫生所、职业病防制所、地方病与寄生虫病防制所、预防医学检验所)，科室29个(职能科室8个、业务科室20个)。

中心现有编制237人，目前中心职工213名。在职人员中各类专业技术人员占90.1%；具有研究生学历的占40.4%；有高级职称的占39.4%；在全国及自治区各专业学术团体任职45人次。

中心取得WHO和国家认证的实验室有11个：国家致病菌识别网省级中心实验室、脊髓灰质炎实验室、性病中心实验室、艾滋病确证中心实验室、麻疹实验室、碘缺乏病实验室、省级流感参比中心、乙脑诊断参比实验室、包虫病诊断参比实验室、疟疾诊断参比实验室、土食源性寄生虫病诊断参比实验室，鼠疫强毒实验室1个，二级生物安全实验室9个。本周期推荐认可(CNAS)项目共有36类583项，推荐认证(CMA)项目22类400项。

中心成立以来，共争取各级各类科研项目立项150项，获批科研经费885.3万元。其中，自治区科技攻关项目11项85万元，自治区重点研发计划项目2项21万元，自治区科技惠民项目1项90万元，自治区自然科学基金项目54项302.6万元，自治区新冠感染重大专项1项300万元，国家自然科学基金项目1项32万，自治区卫生健康委课题79项51.7万元，中国乙肝防控科研基金课题1项3万元。此外还承担中国疾病预防控制中心、中国工程院等单位委托合作课题14项，获拨付资金713.9万元。