脊髓损伤的并发症比较严重，最为常见有两种，最严重的并发症为压疮并发败血症、尿路感染并发肾功能不全，最危急的情况是自主神经功能反射亢进，是脊髓损伤特有的、能威胁患者生命的严重并发症，多见于胸6以上脊髓损伤的患者。主要症状是头痛，主要体征是突发性高血压，其次是脉搏缓慢或加快，有面部潮红、多汗的表现，最有效的治疗方法是尽快处理。其次，也会出现肺部感染深静脉血栓形成、痉挛、关节挛缩、异位骨化。脊髓损伤急性期，一般指患者伤后住院期间，当临床抢救告一段落后，患者生命体征和病情基本平稳，脊柱稳定，即可开始康复训练。急性期主要采取床边训练的方法，其目的是及时处理并发症，预防废用性综合征，为以后康复治疗创造条件。

经颅磁刺激仪在康复治疗中是一个非常有效的新技术，作为神经康复的有效治疗方法，经颅磁刺激仪是目前康复医学研究和应用的热点问题之一，为脑功能障碍的患者探索出非常有价值的物理治疗的新思路，更成为本世纪神经康复的新突破。经颅磁刺激仪作为一种无痛、无创、操作安全、可靠方便的新型技术，可以改善卒中患者运动功能的障碍、失语或认知功能障碍、偏瘫侧忽略、脊髓损伤、帕金森症、抑郁症等多种问题。在精神心理方面，经颅磁刺激仪对抑郁症、精神分裂症、强迫症、狂躁症、焦虑症、创伤后应激障碍有一定的治疗效果，特别对小儿脑瘫、孤独症、癫痫、注意力缺陷等多动症也有一定的作用。