中国疾病预防控制中心消毒检测中心的前身是，1958年成立的中央流行病学研究所消毒研究室，中国预防医学科学院流行病学微生物学研究所于1985年重建消毒研究室，于1995年成立中国预防医学科学院消毒检测中心，2002年7月中国疾病预防控制中心决定将消毒检测中心划归环境所，于2003年初正式并入环境所。