太仓市中医医院外科分为外科一、外科二、外科三骨伤科三3个病区。
【外科一】
本科为普外科、胃肠外科、疝外科、泌尿外科病区。
普外科：
开展腹部外伤、急腹症的诊治、腹腔镜下阑尾切除、腹腔镜急腹症探查、胃肠穿孔修补术等。
胃肠外科：
开展胃肠疾病、腹腔肿瘤等疾病的诊治，腹腔镜微创手术治疗各种胃肠外科疾病如腹腔镜胃肠肿瘤（胃癌、结肠癌、直肠癌）的手术。以及肠梗阻介入治疗。
疝外科：
开展腹股沟疝、腹壁疝、切口疝的诊治，腹腔镜疝修补术（经腹腔腹膜前、完全腹膜外）等各种疝修补手术。
泌尿外科：
开展肾、输尿管、膀胱、前列腺疾病的诊治，腔镜下泌尿系肿瘤（肾癌，膀胱癌，前列腺癌等）的手术治疗。泌尿系结石的体外碎石，钬激光碎石（输尿管硬镜，软镜，经皮肾镜）等手术以及包皮环切、整形手术。
科室长期致力于中西医并重，在肠梗阻、胃肠、泌尿恶性肿瘤、疝修补、前列腺增生等疾病的诊治方面形成特色。
【外科二】
经过多年的努力、积累，科室现已发展成为拥有先进医疗设备以及技术良好、服务优秀的医疗护理队伍，外科二区现分设普外科、肝胆外科、甲乳外科、血管外科专业组，核定床位数43张。
现有医生10名，其中正高1名，副高3名，主治4名，硕士学位4名；护士12名，主管护师以上5名。每年诊治病人约14000人次（住院2000余人），手术例数近800台，在胆囊结石，胆总管结石，急性胰腺炎，肝癌等肝胆疾病、甲状腺肿瘤，乳腺癌等疾病，大隐静脉曲张，下肢血管栓塞等血管外科疾病等的诊治上，为太仓地区的广大患者提供高水平、高技术、高质量的医疗卫生服务。
肝胆胰专业：
科室对肝胆胰疾病的微创治疗已初步形成特色。目前已开展的微创手术有腹腔镜下胆囊切除术、腹腔镜下肝囊肿去顶术，胆囊癌根治术，肝癌根治术，微创腹腔镜联合胆道镜胆总管结石取石术等，并与上海东方肝胆医院，苏大附一院联合开展了鼻胆管引流（ERCP)，其中腹腔镜胆囊切除术是我科的特色。
近10年来已为近4000名患者解除了痛苦，其有损伤小、恢复快，使患者免受剖腹手术带来的创伤大、恢复慢的痛苦。其研究成果获得了2000年太仓市科技成果一等奖。
肝胆外科专家门诊：
姚卫康主任，周四上午。
杜锋副主任，周一、周三上午。
专科门诊：
沈伟清主治医师，周五全天。
周鹏鹏主治医师，周六上午。
甲乳外科：
开展业务：甲状腺疾病、乳腺疾病的诊断及治疗。
1．甲状腺良性肿瘤切除术、甲状腺癌根治术；
2．各类乳房良性肿瘤切除术、副乳切除术、乳腺癌改良根治术、乳腺癌保乳根治术、乳腺癌前哨淋巴结活检技术；
3．乳腺癌全身化疗、内分泌治疗及生物靶向治疗；
4．超声引导“乳腺良性肿瘤麦默通微创旋切技术”；
5．乳腺炎中医治疗等。
血管外科专业：
主要收治下肢静脉曲张、静脉炎，下肢静脉溃疡，下肢深静脉血栓形成，肺栓塞，髂静脉狭窄，动脉硬化闭塞症，糖尿病足，脉管炎，腹主动脉瘤等疾病。目前开展下腔静脉滤器的植入与取出术，下肢深静脉血栓的碎栓与吸栓术，下肢动脉支架植入术，腹主动脉瘤腔内隔绝术，静脉输液港的植入与取出术，骨盆骨折、脾破裂、肾破裂等外伤疾病的介入栓塞术，肝癌的化疗栓塞术，胆总管支架植入术，咯血呕血的介入栓塞术。
血管外科专科门诊时间：魏令珂，副主任中医师，周四下午。
科室还与上海东方肝胆医院、上海肿瘤医院、上海第九人民医院、苏州大学附属医院、苏州市立医院等建立了长期医疗、科研协作关系，邀请著名专家前来手术指导。
【外科三、骨伤科三】
科室涵盖神经外科、胸外科、手足外科三个专科。
神经外科：
常规开展各种脑出血、脑血管畸形的手术救治及微创手术，同时开展颅脑损伤（包括创伤性硬膜外血肿、硬膜下血肿、严重脑挫裂伤、弥漫性轴索损伤等）的手术与救治，并开展颅内常见肿瘤（包括脑胶质瘤、脑膜瘤、垂体瘤、后颅凹肿瘤及脑室肿瘤等）及脑动脉瘤的显微手术及神经内镜手术治疗，开展三叉神经痛、面肌痉挛的显微手术治疗及颅脑先天性畸形、脑积水、脊膜膨出等疾病的手术治疗，并开展手术后的中西结合康复治疗。
胸外科：
主要收治外伤性肋骨骨折、自发性气胸、肺部结节、纵膈及食管肿瘤等病人，可开展胸腔镜探查、多发肋骨骨折切开复位内固定、胸腔镜下肺大泡切除、纵膈肿瘤切除、肺段切除、肺癌根治术、食管癌根治术等手术。胸外科与上海肺科医院胸外科建立长期医疗、科研协作关系，邀请著名专家前来门诊、授课及指导手术。
手足外科：
该学科由太仓市手足外科学科带头人顾昊于05年在太仓地区首先创建。在苏方东副主中医师的刻苦奋斗下学科得到了持续发展。
开展业务：
1、手、腕、足、踝等部位的损伤与疾病；
2、四肢血管神经损伤修复和功能重建；
3、断肢（指）再植、足趾移植拇（手）指再造；
4、手足部先天及后天获得畸形；
5、转移和游离皮瓣修复四肢皮肤软组织缺损；
6、四肢周围神经损伤及卡压征；
7、足拇外翻；
8、关节镜治疗腕、踝关节损伤与疾病等。