新疆医科大学第一附属医院昌吉分院前身为昌吉市第二人民医院，是一所非营利性综合性二级甲等医院。2014年12月，新疆医科大学第一附属医院与昌吉市人民政府正式签署《托管合作框架协议》，按照理事会下的执行院长负责制，对昌吉市第二人民医院整体托管，进行为期30年的经营管理，共建新疆医科大学一附院昌吉分院。医院由科级升格为副县(处)级。

新疆医科大学一附院昌吉分院总占地面积138亩，建筑总面积8.8万平方米,医院核定床位800张(实际开放床位573张)，内设26个临床科室，7个医技科室，10个职能大部,1个健康管理中心。有3个市级重点学科（心血管内科专业、骨科专业和肝胆专业），1个州级高层次人才工作室，1个市级高层次人才工作室，1个州级重点人才项目。

医院在学科发展中积极发挥新疆医科大学第一附属医院优势学科影响力，重视“心血管内科”、“骨科”等基础学科的梯队建设；强化“妇科”、“产科”、“儿科”的一体化发展；突出“微创外科”、“介入治疗”、“皮肤科”等特色诊疗；结合昌吉当地医疗市场，主动开拓“神经医学”、“新生儿”、“生殖助孕”等稀缺学科；积极探索“美容整形”、“心理医学”等顺应百姓要求的朝阳学科。

医院拥有齐备的医疗检测设备和口腔CT、大宝石CT等一批具有国际先进水平的高精尖设备，实现了全院内部联网，门诊就诊“一卡通”，基本实现医院办公自动化，临床医疗水平日益提高，学科建设逐步完善。

新疆医科大学第一附属医院昌吉分院在管理上大胆创新，临床、医技科室采取病区式管理。昌吉分院与新医大一附院科主任统一，病区主任由新医大一附院科主任选派（从现有副主任或医疗组组长中选派），全面负责对病区的行政管理。行政、职能采取大部制管理,部门主任由本部选派干部担任或院领导直管。

医院拥有雄厚的人才梯队支撑。与一附院共享已有的“人才金字塔”库。一附院温浩、丁岩等名医，马依彤、王云海、曹力等学科带头人每周定期来分院坐诊，学术带头人定期来分院教学查房，学科骨干作为科室主任直接负责科室管理。

医院竭力为患者提供便捷、高效的医疗服务。为昌吉分院患者开通“转诊绿色通道”，保证来院疑难危重患者能享有第一时间的高效救治。借助一附院本部远程医学优势，为分院患者开辟远程诊疗绿色通道，使当地百姓足不出户即可享受省级知名医院和国内知名医院专家的会诊。努力为患者提供价廉、优质的医疗服务，实现“属地诊疗、正确转诊、疑难危重少出疆”的工作目标。

新疆医科大学第一附属医院将按照与一附院本部统一规划、一体发展的工作思路，努力建设成一所基本医疗服务与高端医疗服务兼有，特色医疗与健康服务并举、大专科、小综合、强基本、创品牌，中亚有较大影响的新型医院。