乌鲁木齐儿童医院新生儿科成立于1995年，1999年8月根据医疗市场的需求正式成立新生儿科，在全疆最早建立了无陪护病房，设有新生儿监护病床10张，普通新生儿病床16张，并建立了新生儿监护室。多年来医院重视人才培养，不断选送优秀医护人员去北京儿童、广州儿童医院、重庆儿童医院等内地先进医院进修学习、交流，并请北京儿童医院专家来院帮助指工作。

新生儿科医疗设备先进，配备有婴儿专用呼吸机、辐射式抢救台、早产儿培养箱、蓝光箱、新生儿运转式暖箱等多种设备，为抢救危重新生儿创造了有利条件。

多年来医院新生儿科在早产、低体重儿、新生儿颅内出血、新生儿缺氧缺血性脑病、新生儿窒息、新生儿重症感染等方面积累了丰富的经验。并建立了一支医得高尚、技术精干的医疗队伍，提供最优质的服务，创全疆最先进的医疗水平。乌鲁木齐儿童医院新生儿科已成为我市设备及条件较先进的新生儿病区和NICU之一。