乌鲁木齐儿童医院小儿外科成立于1998年，是我区最早成立的小儿外科专业科室。多年来在院领导的大力支持及关怀下，采取派出去请进来的方法，（即请北京儿童医院、广州儿童医院专家定期到小儿外科协助、指导工作。小儿外科也派出工作人员到北京儿童医院、天津儿童医院、武汉儿童医院、华西医科大学儿外科进修学习）使小儿外科不断壮大。

目前拥有主任医师一名、付主任医师一名、主治医师三名、住院医师四名及护士九名，并形成以小儿普外、新生儿外科及小儿泌尿外科专业为龙头的科室。

乌鲁木齐儿童医院小儿普外专业能开展如：小儿腹股沟疝、先天性胆总管囊肿、先天性巨结肠、食道裂孔疝、小儿阑尾炎等手术，其中，最先在我区开展经肛门托出巨结肠根治术。近来又率先开展经腹腔镜行小儿腹股沟疝、小儿阑尾切除及先天性幽门肥厚手术。

新生儿外科专业能开展脐膨出、腹裂、先天性肛门闭锁、先天性肠闭或狭窄、肠旋转不良及重复畸形等手术，并以达到区内先进水平，明显提高致命消化道畸形的成活率。乌鲁木齐儿童医院小儿泌尿外科专业是目前全疆仅有的儿童泌尿专业科室，主要治疗小儿泌尿系先天性疾病，如先天性尿道下裂、先天性肾积水、重肾、膀胱输尿管反流、隐睾、鞘膜积液及包茎、隐匿性包茎等手术。近年又开展了经腹腔镜治疗青少年精索静脉曲张、两性畸形探查及隐睾手术。首先在区内开展小儿膀胱镜检查。