乌鲁木齐市妇幼保健医院新生儿科能同时接收40多名高危新生儿入住观察治疗；是乌鲁木齐市新生儿重症转运中心，同时已承担了全疆转运来的重症新生儿的救治；开展了新生儿疾病筛查与相关治疗。

新生儿科拥有床旁新生儿头颅B超，高频震荡呼吸机，CPAP无创呼吸机，多功能监护仪，红外线辐射台，暖箱及蓝光箱，微量注射泵，床旁X光机等先进设备。