乌鲁木齐市中医医院外科主要治疗肝胆、胰腺、脾脏疾病；胃肠道疾病；甲状腺、乳腺疾病；外周血管疾病；腹部创伤、烧伤、体表肿物等治疗。

目前科室已开展绝大部分的普外科手术，并广泛开展了腹腔镜胆囊切除手术、肝部分切除术、脾切除术、胃肠癌手术、甲状腺手术、疝修补术、静脉曲张高位结扎剥脱术等手术，及糖尿病足结合中药及西药治疗。