新疆生产建设兵团总医院儿科设有新生儿病区，对各类儿童呼吸系统疾病、心血管系统疾病、风湿免疫性疾病、消化系统疾病、神经系统疾病及新生儿疾病有先进的诊治水平，尤其对儿童重症肺炎、腹泻病并重度脱水及各种危重症、疑难杂症等具有丰富的临床诊治经验。

成立了兵团危重新生儿转诊接诊救治中心、兵团儿童白血病救治中心。

科室拥有儿童肺功能检测仪，德国海伦高频震荡呼吸机、德国史迪芬科迪娜人工呼吸机、CPAP呼吸机、多功能床边监护仪、保温箱（带兰光）、远红外新生儿抢救台、德国百瑞压缩泵雾化器、新生儿经皮测黄疸仪、微量血糖仪等先进设备。

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