昆明市第三人民医院成立于1954年，前身为“昆明市传染病医院”，1986年更名为昆明市第三人民医院，2002年与“昆明市结核病防治院”合并，成为西南地区规模最大的三级甲等传染病专科医院，是昆明市政府举办的以传染性疾病诊治为重点，集医疗、教学、科研、社区卫生服务为一体，履行传染病防治政府职能的大型公立医院。医院是大理大学第六附属医院、昆明医科大学临床教学医院、“云南省传染病临床医学中心”、“昆明市传染性疾病医疗质量控制中心”、“昆明市突发公共卫生事件传染病救治中心”、国家卫健委临床药师培养基地、中华医学会临床药学分会临床药师规范化培训中心和境外传染病专科护士培训基地；已经成为云南省传染病临床医学中心建设单位、中国（云南）自由贸易试验区传染性疾病区域国际诊疗中心、国家传染病医学中心（北京）精准医疗与转化医学中心云南省分中心、国家感染性疾病临床医学研究中心云南省分中心。目前是中国医院协会传染病医院分会副主任委员单位、云南省医学会结核病分会主任委员单位、云南省医院协会结核病分会主任委员单位、云南省药学会传染病药学专委会主任委员单位，云南省中西医结合学会传染病专委会主任委员单位。

医院有4个专家工作站：首都医科大学附属北京佑安医院郑加生专家工作站（微创介入科）、中国药科大学孔令义专家工作站（天然药物化学）、首都医科大学附属北京地坛医院成军专家工作站（肝病科）及重庆医科大学附属第一医院郭述良院士专家工作站（呼吸科）。

医院有省级重点专科4个（感染性疾病科、传染科、重症医学科、老年病科）、省院共建项目1个（肝病科）和培育项目1个（结核病科），市级重点专科4个（肝病科、结核病科、艾滋病科、重症医学科），设有3个昆明市市级研究中心（昆明市感染性疾病研究中心、昆明市肝病研究中心、昆明市结核病临床研究中心）、5个市级重点专科、1个昆明市重点实验室（昆明市结核病重点实验室）、30个市级诊疗技术中心和3个科技创新团队。

医院分为吴井、长坡两个院区，截至2024年8月，有职工1322人，其中编内595人，编外聘用678人，外聘22人，见习共27人，编制床位1200张。有硕士研究生导师29人，博士7人，硕士180人，副高级以上专业技术人员202人，设有性病与艾滋病科、感染性疾病及儿童传染科性病与艾滋病科、肝病综合科、肝病介入科、肝病免疫科、肝病消化科、中西医结合结核病科、耐药与重症结核病科、综合结核病科、介入结核病科、吴井重症医学科、长坡重症医学科、血液净化中心、手术室、普外科、骨科、胸外科、妇产科、关怀科（肿瘤科、介入室）、呼吸与危重症医学科、内二科（心内科、内分泌科）、综合内科、公安强制戒毒所病区、急诊部、预防保健及慢病管理中心（体检中心）、临床营养科、门诊部（耳科、五官科、口腔科、皮肤科、中医科）、药学部、吴井检验科、长坡检验科、病理科、医学影像科、超声功能诊断科、医学工程部、消毒供应室、公共实验室暨新发传染病研究部、输血科、传染病应急培训部、应急物资储备库、防治艾滋病办公室等32个临床及13个医技辅助科室及18个职能部门。

致力于建设国内一流的综合性传染病医院，为群众提供方便周到的人性化服务。国际上与泰国宋卡王子大学、瑞典隆德大学、以及越南、缅甸、老挝、柬埔寨等国家的医疗机构开展了较好的学术交流与合作。国内与北京地坛医院、北京胸科医院、佑安医院、深圳三院、上海公卫中心、成都公卫中心、中科院武汉病毒研究所等开展了较密切的合作。省内与动物所、医科所、昆医大、大理大学等开展较好合作。随着专业细分及学科交叉的不断深入，逐步形成了“精专科、强综合”的格局。

2017年以来医院陆续加入了“北京结核病诊疗技术创新联盟”、“国家肿瘤微创治疗产业技术创新战略联盟”和“北京亚太肝病诊疗技术联盟”，在京昆医疗协作联盟的支持下成立了亚太肝病诊疗技术联盟云南省联盟、成为全国结核病医院联盟和北京结核病诊疗技术创新联盟医院，是西南结核病医院联盟的副主委单位，是全国首批上线的结核病互联网医院，是全国传染病医院管理创新学组的委员单位。率先引入的电磁导航支气管镜技术提升了肺部结节的鉴别诊断能力，结核病临床研究中心在耐多药结核的诊治、中西医结合肺内外结核的治疗、肺结核及结核并发症的介入治疗、骨关节结核的外科治疗等方面达到国内先进水平。肝病临床研究中心在感染性肝病如乙肝、丙肝、戊肝等和非感染性肝病如自免肝、脂肪肝、药物肝损伤等诊疗方面处于省内领先水平，是云南省最早开展人工肝治疗的医院，开展了肝硬化及上消化道出血的内镜治疗，在“郑加生专家工作站”的指导下开展了肝癌与肺癌的微创介入消融手术，具备开展肝癌的肝动脉灌注栓塞、肝血管瘤灌注栓塞、经颈静脉肝内门体分流术、下腔静脉滤器植入等介入手术的能力。医院建立了HIV初筛和确证实验室，具备开展抗病毒治疗、机会性感染治疗、母婴阻断、HIV外科手术等完善的艾滋病诊疗体系。感染性疾病科对发热感染性疾病、中枢神经系统感染性疾病及虫媒传播疾病的诊疗水平省内领先。重症医学科对重症肺炎、休克、多器官功能衰竭、呼吸衰竭、肾功能衰竭、药物毒物中毒以及重症艾滋病、重症结核、急慢性肝衰竭、破伤风、脑炎等感染性危重症有丰富的救治经验。心内科可开展冠脉介入、心脏起搏、主动脉瘤腔内隔绝术等介入治疗。呼吸科擅长对疑难肺部疾病的临床诊治。骨科开展创伤骨折、骨肿瘤、骨与脊柱关节结核的手术，腹部外科开展腹腔镜术、肝叶切除术以及其他腹部结核手术，胸外科开展肺肿瘤、各种结核病灶清除和肺叶切除等手术。妇产科是云南省定点施行乙肝、梅毒、HIV母婴阻断的单位，目前所完成的HIV感染手术在国内位居前列。医院血液净化中心是“全国人工肝及血液净化技术示范中心”，分室分机，对各种感染性疾病患者及普通患者按感染途径进行分区专人专机治疗，确保患者到我院治疗的安全。为终末期病人提供缓和医疗和安宁疗护服务的关怀科在国内享有较高知名度，是“昆明市安宁疗护技术中心”，并与瑞典隆德大学合作共建“中瑞安宁疗护中心”。医院检验科在病毒性肝炎、结核、艾滋病及其他传染病的临床检测方面处于省内领先水平。

目前配备有640层及320层超高端多螺旋CT、3、0T及1、5T磁共振成像仪、高端四维彩色多普勒超声诊断仪、C臂X光机、电磁导航支气管镜系统、高清胃肠镜系统、电子支气管镜、超声支气管镜、体外膜肺氧合系统（ECMO）、肺功能检测仪、4K高清胸腔镜、腹腔镜及宫腔镜、人工肝机、质联用色谱仪、流式细胞仪、自动化生化分析仪、全自动细菌培养系统、细菌鉴定/药敏系统、基因测序仪等先进设备共计3000余台。

牵头建立了云南省感染性疾病专科联盟，目前联盟单位扩大到121家，通过专科联盟的优势实现资源共享、信息互通、学术互动和技术帮扶，提升云南省传染病医疗救治的整体水平。响应国家“一带一路”倡议，不断扩大与省内外及东南亚国家传染病专业机构间的协作范围，积极搭建东南亚感染性疾病联盟的平台，通过医疗合作、学术交流、项目、科研等方式带动区域内传染病防治水平的共同提升。

近年来医院在科研创新方面成果显著：获得国家自然科学基金立项3项，省级课题20项、横向课题8项、厅级课题17项、市级课题80项、局级课题105项、区级课题5项，合计237项。入选省中青年学术和技术带头人后备人才1人，云南省医学领军人才1人，云南省医学学科带头人1人，云南省医学学科后备人才1人，昆明市学术技术带头人3人，后备人才2人，昆明青年拔尖人才3人；昆明市“春城名医”10人，昆明市突出贡献专家2人，官渡区学科带头人6人，市卫生健康委“十百千”工程89人，其中，国家级知名专家培养对象1人，省级知名专家培养对象12人，市级知名专家学科带头人培养对象19人。获得云南省科技进步一等奖1项（与昆医大附一院联合申报）、二等奖1项、三等奖6项；云南省卫生科技成果二等奖1项、三等奖11项，昆明市科技进步二等奖1项、三等奖1项，官渡区科技进步三等奖2项。

医院承担着昆明地区的传染病临床诊疗、预防控制、应急救治、技术指导、人员培训等工作，是昆明市及云南省传染病疫情防控的重要力量，为保障昆明市乃至云南省人民群众的身体健康、维护社会稳定做出了积极贡献。2003年被卫生部、人事部、国家中医药管理局表彰为“全国卫生系统抗击非典先进集体”；2005-2007年度、2008-2010年度及2011-2015年度三次获得“云南省防治艾滋病人民战争先进集体”荣誉；2009年、2012年、2015年、2018年、2021年连续五次被授予“云南省文明单位”称号；2012年、2013年被评为昆明市“平安建设先进单位”，多次获得市卫生系统“先进集体”、“实绩突出班子”等表彰；2017年艾滋病科获得国家卫计委授予的“全国卫生计生系统先进集体”称号、“全国优质护理服务表现突出病房”称号及云南省卫计委授予的“云南省卫生计生系统先进集体”称号；2019年在“健康春城•最美医者”评选活动中同时获得“五一劳动奖章”和“工人先锋号”光荣称号。2020年获得云南省抗击新冠肺炎疫情先进集体，云南省优秀基层党组织称号。