敦煌市中医医院建于1983年。位于敦煌市肃州镇祁家桥村永安路880号，批设床位260张，开放病床150张。为公立“二级甲等中医医院”、全国“爱婴医院”、甘肃省中医院分院，是甘肃省人民医院、甘肃省中医院、兰大一院、兰大二院、甘肃省妇幼保健院等7个医疗联盟成员单位。

与甘肃省人民医院肛肠科、甘肃省中医院脾胃病科建立了专科联盟。与甘肃省人民医院、上海徐汇区中心医院、甘肃省妇幼保健院建立了远程网络会诊平台。医院现有职工106人，其中卫生技术人员228人，高级职称34人，中级职称45人。医院功能科、放射科、检验科等科室有CT机、DR、彩超机、生化自动分析仪等各类大型医疗设备200余台件。开设内、外、妇、儿、康复、肛肠科、五官等10个临床科室，7个医技科室，12个职能科室。能够开展急危重症的抢救，各种常见病、疑难病的中西医结合治疗和外科传统手术、微创手术治疗。并承担多个医学院校实习教学任务。是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体，管理科学、设备先进、医疗服务规范、技术水平较高的中医医院。

医院坚持“以患者为中心，以员工为主题”的办院理念，秉承“科技兴院、专科强院、中西医综合发展”的办院宗旨。先后建成重点专科6个，县级中医重点专科-中医骨伤科，市级中医重点专科-肛肠科，省级中医重点专科-眼科、针灸康复科、中医妇科3个、国家级中医基层重点专科-肾病科。20余项科研成果分别获市、县级科技进步奖，200余篇学术论文在国家级、省级刊物上发表。

敦煌市中医医院党总支于2020年9月17日升格为党委，设书记1名，副书记2名，委员4名，下设4个党支部，共有党员64名，其中在职党员49人，退休党员15人。党员占全院总数的23%。

医院荣获甘肃省诚信建设单位示范点、市级文明单位、全市窗口行业创建文明系统示范点、思想政治工作先进集体等多个荣誉称号。