海安市中医院于1983年独立建院，为南京中医药大学翰林学院附属医院、南京中医药大学教学医院、扬州大学医学院临床学院，国家级爱婴医院、国家中医住院医师规范化培训协同基地。2013年1月8日，在南通市县级医院中率先被国家中医药管理局评为“三级乙等中医医院”。2019年被列为江苏省现代医院管理制度试点单位，2022年被列为“公立医院高质量发展省级试点单位”。2021年国家三级中医医院绩效考核评级B+，2022年江苏省内三级中医医院绩效考核排名第10名。

医院编制床位1000张，现有占地面积3.3万㎡，建筑面积11.5万㎡。2018年建成现代化标准制剂厂房，建筑面积4000㎡。医院现有20个一级临床科室，其中针灸科为全国第二批农村医疗机构中医特色专科（专病）、“十二五”国家中医重点专科协作组成员单位，江苏省中医重点专科；肿瘤科、脾胃病科为江苏省中医重点建设专科；骨伤科、中医妇科、肛肠科、脑病科、心病科、内分泌科、肺病科、中医护理为南通市中医重点专科；超声诊断科为南通市临床重点专科；治未病科为南通市中医重点建设专科。有现代化标准手术室16间（其中层流手术室9间），建制医技科室4个，体检中心、康复训练中心、血液净化中心各1个；共五个病区开放中医经典病房床位124张。医院拥有东芝核磁共振、瓦里安医用直线加速器、飞利浦128排CT、西门子DSA等大中型医疗设备。

医院现有职工1139名，其中硕士研究生导师7名，博士研究生6名，硕士研究生81名。有全国基层名老中医学术指导老师1名，全国中医药创新骨干人才1名，省名中医6名，南通市名中医10名、南通市基层名中医6名，海陵名医6名；江苏省“333”工程人才4名，南通市226工程人才9名，市级中青年技术拔尖人才9名，市医学领军人才1名，市医学重点人才4名。夏治平工作室被确定为“全国名老中医药专家传承工作室”。马小平工作室被确定为“全国基层名老中医药专家传承工作室”。引进邵荣世“全国名老中医药专家传承工作室”。梅九如工作室被确定为“第三批江苏省名老中医药专家传承工作室”。

建院以来，全院共申报科研课题212项，其中获得省级科研课题立项13项（其中江苏省自然科学基金1项），市级科研课题立项132项，并获国家中医药科技进步奖1项、省级科技进步奖7项，市级科技进步奖19项，市级新技术引进奖24项，优秀中医药项目奖39项，发表SCI论文50余篇。省名中医、主任中医师夏治平以海安市中医院为基地，先后主编出版了《实用临床针灸推拿学》，《中国推拿全书》（国家“九五”重点图书）等专著。医院开展了胆石症内病外治、甲状腺病、脾胃病、椎间盘突出症、男性不育症等30多个具有中医特色优势的专科专病。医院自行研制的本院制剂达52个品种，因其简、便、验、廉深受广大患者欢迎。医院积极参与“一带一路”工作，推动中医药走出国门，2019年建成“中国-乌兹别克斯坦中医药中心”，2023年与马耳他对接开展国际科研学术交流。医院积极做好援外、援陕、援疆工作，现有辖区医共体单位7家，医联体单位23家。