兰州大学第二医院呼吸内科，开设了呼吸内科一病区、呼吸内科二病区。
呼吸内科一病区：
呼吸内科一病区的雏形为上世纪五十年代初期创立的兰医二院结核病科，历经近七十年的发展建设，现已成为集医疗、教学、科研为一体的综合性现代化呼吸病学诊疗中心。
呼吸内科一病区设有病床63张，现有医护人员37人。医生14人，其中副主任医师3人，主治医师7人，住院医师4人，均为硕士研究生学历及以上学历。其中，博士1人，在读博士1人。下设三个主诊组，均由主任医师/副主任医师、主治医师、住院医师三级梯队构成。肺功能室技师2人，主管护师，本科学历；呼吸内科一病区护理单元护士21人，其中主管护师3人，16人为本科学历，5人为大专学历。
科室主任为万毅新主任医师，副教授，医学硕士，硕士研究生导师，甘肃省卫生厅中青年学术技术带头人。现任甘肃省医学会呼吸专业委员会候任主任委员，甘肃省抗癌协会肿瘤内镜专业委员会名誉主任委员，甘肃省医师协会整合医学医师分会胸部疾病专业委员会第一届副主任委员，甘肃省医师协会哮喘专业委员会副主任委员，甘肃省抗癌协会肺癌专业委员会第一届常务委员。
呼吸内科一病区在肺癌、慢性阻塞性肺病、哮喘患者的诊治与长期管理、睡眠呼吸暂停综合征诊治、呼吸危重症的治疗尤其是支气管镜介入治疗方面取得了长足的进步。对常见病、多发病以及疑难少见病症的诊治已达到国内领先水平。全年门诊人次约2.4万人，年出院人次近三千人。
科室拥有独立的呼吸内镜中心、睡眠医学诊疗中心和肺功能检查室。气管镜检查和介入治疗是病区的学科优势，开展业务水平和数量居全省第一，国内处于领先地位。每年完成支气管镜诊疗二千余例，呼吸内镜中心现拥有PENTAX和OLYMPUS等国内一流内镜设备。
除开展常规支气管镜下活检、灌洗等项目外，近年来还开展了气道良恶性疾病气管镜下的热消融术、氩气刀切除、冷冻、超声内镜引导下经气管镜针吸活检术（EBUS-TBNA）、经支气管超声导向鞘引导的经支气管肺活检术（EBUS-GS-TBLB）、球囊扩张术、气道内异物取出术、气道支架置入术、支气管热成形术、内科胸腔镜等国内领先技术。
肺功能室拥有先进的德国MasterScreen肺功能测试系统2台套，每年完成肺功能检查一万三千五百余例。病区拥有德国Drager生产的EVIT-4有创呼吸机1台套，无创呼吸机6台套；多导睡眠诊断分析系统（型号：SW-SM2000CB）2台套及排痰仪等呼吸治疗设备。
呼吸内科一病区承担多项省部级、市级、院内科研项目，参与国家药物临床试验，承担兰州大学本科教学和硕士研究生培养以及甘肃省住院医师规范化培训工作，同时承担甘肃和青海地区各级医院呼吸专科进修医师培训等任务。拥有多名省内知名专家教授，同时还有一支以优秀的中青年骨干为主的学术梯队。兰州大学第二医院呼吸内科一病区已成为西北地区设备先进、技术力量雄厚的呼吸疾病诊疗中心之一，是甘肃省培养支气管镜医护人员的摇篮。
病区依托于学科及医院长远发展目标形成了临床医疗、教学和科研一体化的发展模式，形成了以介入呼吸病学为专长的临床特色，为省内呼吸专科人才培训创造了条件，也为广大肺部疾病患者带了福音。与西北地区呼吸病学领域有关医学中心建立了良好的业务协作关系，对基层医疗单位进行了广泛的技术支持和设备支援。病区以其鲜明的临床特色、细致的人文关怀受到同行及广大患者欢迎与肯定，未来，我们将秉承“业务精湛、服务一流、管理高效、团结协作、风清气正”的理念，继续为广大患者提供一流的技术、一流的服务。
呼吸内科二病区：
呼吸内科二病区的前身为VIP内科，2018年8月正式合并入呼吸科，更名为呼吸内科二病区。
呼吸内科二病区设有病床61张，现有医护人员29人。医生11人，其中主任医师2人，副主任医师2人，主治医师3人，住院医师4人，2人为在读博士，9人为硕士研究生。下设三个主诊组，均由主任医师/副主任医师、主治医师、住院医师三级梯队构成。呼吸内科二病区护理单元护士18人，其中主管护师2人，护师12人，护士4人，10人为本科学历，8人为大专学历。
科室主任为万毅新主任医师，副教授，医学硕士，硕士研究生导师，甘肃省卫生厅中青年学术技术带头人。现任甘肃省医学会呼吸专业委员会候任主任委员，甘肃省抗癌协会肿瘤内镜专业委员会名誉主任委员，甘肃省医师协会整合医学医师分会胸部疾病专业委员会第一届副主任委员，甘肃省医师协会哮喘专业委员会副主任委员，甘肃省抗癌协会肺癌专业委员会第一届常务委员。
病区主任为石军年主任医师，副教授，医学硕士。现任中华医学会老年病医学专业委员会第八届全国青年委员，中国睡眠研究会西部工作委员会委员，甘肃省老年医学会呼吸分会副主任委员，甘肃省睡眠研究会常务理事，甘肃省医师协会睡眠医学会副主任委员，甘肃省医师协会呼吸分会理事，甘肃省高原医学委员会副主任委员，甘肃省兰州市全科医学专业委员会名誉主委，甘肃省哮喘联盟首批成员，甘肃省抗癌协会肿瘤内镜专业委员会委员，甘肃省老年病医学专业委员会委员。
呼吸内科二病区科室目前主要开展的业务有：慢阻肺诊疗、哮喘诊疗、重症肺炎诊疗、肺恶性肿瘤诊疗、睡眠呼吸暂停综合症诊疗及少见呼吸病诊疗等。呼吸内镜技术主要开展了支气管镜检查、支气管镜下支气管活检、肺泡灌洗术、气管/支气管内异物取出术、高频电凝/电切/冷冻、球囊扩张术、超声支气管镜下针吸活检（EBUS-TBNA）、胸腔镜检查等。辅助检查诊疗技术有：无创呼吸机，睡眠呼吸监测、动脉血气分析、心脏五项等。病区拥有无创呼吸机1台、多导睡眠诊断分析系统1台及排痰仪、红光红外治疗仪等呼吸诊疗设备。
病区承担兰州大学医学本科生教学、临床实习任务，承担甘肃省住院医师规范化培训工作，同时承担呼吸内科进修医师培训等任务。承担多项多项省部级、市级、院内科研项目，参与国家药物临床试验。
在新的历史起点上，呼吸内科二病区将努力提升业务水平，规范教学工作，加强科研能力，秉承呼吸科“业务精湛、服务一流、管理高效、团结协作、风清气正”的理念，发扬兰州大学第二医院？厚德精医精神，争取把科室打造成“三甲医院一流科室”。