南通市第二人民医院中医科为一级临床科室，中医门诊开设中医内科、中医肛肠科、中医妇科，采用纯中医药的方法进行诊治，疗效满意。2016年成立南通首家“上海名老中医馆”，聘请上海市中医院范征吟教授为科室名誉学科带头人。

常规开展中医中药诊疗项目，在中医妇科男科方面，开展中药治疗月经不调、痛经、多囊卵巢综合征、色斑、更年期综合征、慢性盆腔炎、男性精子活力低下、液化率低等研究。在中医内科方面，眩晕症、头痛症、糖尿病并发症、甲状腺疾病、乳腺结节、肿瘤、痛风、慢性胃肠疾病、类风湿性关节炎、严重失眠、皮肤病等疾病均有独特的诊疗经验。

在肛肠病方面，开展肛肠PELT微创技术、痔上黏膜套扎术（RPH）、硬化剂注射术、中药灌肠、中药熏洗等项目，另外老年性便秘、慢性结直肠炎等疾病的中药治疗也取得非常满意的疗效。此外还坚持中医特色，开展冬病夏治、中药贴敷、中药熏蒸、膏方、治未病等研究。