南通市中医院针灸科是市重点专科。在常规针灸的基础上，开展针刀、穴位埋线、穴位注射、自血疗法、耳针、头皮针、梅花针、腹针、脐针、浮针、刃针、拨针、骶管滴注、内热针、揿针、火针、整脊、刺络放血以及中医定向透药、穴位贴敷、冬病夏治等各种特色疗法。

治疗头痛、三叉神经痛、颈肩腰腿痛、带状疱疹后遗神经痛、关节痛等各类痛症，面瘫、中风偏瘫、眩晕等神经系统疾病，胃肠道疾病，月经病，男科病，痤疮、黄褐斑、荨麻疹等皮肤病等。

设立针灸美容、减肥、腱鞘炎等专病门诊。在改善亚健康、防病保健上针灸更具优势。