重庆市中山医院胸外科是西南地区最早创建的二级分支专科之一，也是西南地区胸外科及胸外科医师培训基地，至今已有50年历史。设有床位40余张，在胸心外科专家何德沛、杨庆军院长指导下科室医疗业务发展迅速，科内现有主任医师教授三名，副主任医师一名，博士硕士研究生四名，对胸部各种疑难疾病的诊治有丰富的经验，如各种食管疾病的治疗（食管癌、贲门癌、贲门失迟缓症、食管良性肿瘤、食道烧伤等）、各种肺部疾病（肺癌、肺部良性肿瘤、结核球、曲菌球病、肺隔离症、支气管扩张症、自发性气胸、血气胸等）、各种气管肿瘤、各种纵隔肿瘤（胸腺瘤、畸胎瘤、支气管囊肿、心包囊肿、神经源性肿瘤等）、各种乳房疾病（乳腺癌、乳房良性病变等）、胸壁结核慢性脓胸、严重胸部外伤。近年来胸外科开展的微创电视胸腔镜手术亦为本科的特色，目前已完成各类全胸腔镜下肺癌根治术，食管癌根治术，纵隔肿瘤摘除术，肺大疱切除术，凝固性血胸清除术，手汗症根治术等，在西南地区处于领先地位。胸外科除了向微创方向发展之外，还不断挑战高难度的复杂外科手术，目前已完成过去视为“禁区”的颈段食管癌侵犯下咽及喉部的外科治疗、侵犯心脏的中央型肺癌切除、主气管的恶性肿瘤切除、侵犯心脏及腔静脉的巨大恶性胸腺瘤切除等，均取得满意疗效。