重庆大坪医院耳鼻咽喉科始建于1959年，是中心的主要学科之一。
在我国耳鼻咽喉头颈外科学领域著名专家何凌汉、刘兆华，姬长友、陈继川的领导下，本学科不断探索创新，引进先进技术和设备，成为了集医疗、教学、科研为一体的全军内耳疾病诊疗中心、重庆市耳鼻咽喉头颈外科研究所、国家药品临床试验基地（耳鼻咽喉专业）、陆军军医大学耳鼻咽喉头颈外科中心、博士授权学科及博士后流动站等。
目前，科室有医师20人，医技3人，护士20人，其中高职8人，中职19人，所有在职医师拥有硕士及以上学历。正式编制床位56张，门诊诊室9间，2022年门诊量达50000余人次，年收治病人3000余人次，手术量2200余台次。承担博士、硕士、本科生培养，住院医师规范化培训和重庆市多项科研任务。
目前科室设置耳科亚专业组、鼻科亚专业组、咽喉头颈亚专业组，各亚专业发展迅速，各具特色，有专业化的学术带头人和合理的人才梯队。