四川大学华西口腔医院中医科是西南地区首家将中医特色疗法与口腔疾病相结合的科室，中医科禀赋华西口腔医院科研、教学、临床为一体的临床模式，秉承传统中医的整体辩证、因人而宜的诊疗方法，发挥中医经络辩证、脏腑调理的特色，系统整理了口腔与脏腑经络的关系，并着重归纳了心、肝、脾、肾等脏腑失调对口齿疾病的影响。在病因方面，分析了风、火、湿、燥在口齿疾病中的致病机理。

中医科根据患者个人体质的不同，通过中医整体辨证的方法开展口腔特色疗法，运用中药的汤、散、丸等剂型治疗复发性口疮、干燥综合症、口腔扁平苔藓、非源性口臭；牙龈肿痛等疾病；运用中医康复理疗的方法如针灸、针刀、推拿治疗面瘫、三叉神经痛、面肌痉挛、颞颌关节紊乱以及头颈部疼痛等疾病；根据中医治未病的思想，开展三伏灸、三九灸、中药脐疗、中药熏蒸调理体质，增强免疫力，对口腔疾病的发生进行提前干预与治疗；并开展中医体检，明确患者体质，制定个性化的诊疗方案。