南京明基医院中医科，内设中医内科、针灸推拿科、小儿推拿科、埋线专科、整脊专科，共有床位20张。医师及技师共20余人，主任医师13人，副主任医师2人，主治医师2人，其中硕士及以上学历19人，博士生导师12人。

2016年中医科出版书籍2本，核心期刊论文6篇，市科委课题1项。

中医科开展中医药治疗内科、妇科、男科、儿科等疾病，个体化膏方加工制作；针灸推拿治疗颈肩腰腿痛，埋线减肥；小儿推拿；整脊疗法治疗颈椎病、腰椎间盘突出症等疾病；督灸治疗强直性脊柱炎及其他风、寒、湿痹症为科室医疗特色。