武汉儿童医院中医科由中医科病房、中医科门诊诊断室及中医特色治疗室三部分组成。全科医护人员30余人，正主任医师5人，副主任医师9人，其中硕士研究生4人，中医护理人员10余人。该科集科研、教学、临床、医疗为一体，是中南地区较具规模和影响的中医科儿科。2005年被市卫生局授予市综合医院中医科唯一达标学科。

中医科病房设病床45张，运用现代医学检查方法及手段，采用中医科方法治疗儿科疾病。常年收治呼吸系统、消化系统、泌尿系统等疾病。对毛细支气管炎、迁延性肺炎、迁延性及慢性难治性腹泻病、婴儿肝炎综合征、小儿反复呼吸道感染、泌尿系结石、胆道结石等疾病的治疗独具特色。

科室根据患儿病情需要，采用中医科、中医特色或西医的治疗方法，以达到较快的治疗目的。

中医科门诊每日上午8时至晚上10时应诊（节假日不休息），由一批中年资主任医师应诊，以治疗小儿反复呼吸道感染、支气管炎、小儿食滞、疳积、遗尿症、急性肾小球肾炎、泌尿结石、铅中毒等疾病为专科特色。采用祖国医学辨证施治原则，合理检查综合治疗，在临床上取得满意疗效。

中医特色治疗室有2名专职治疗师，长期从事中医推拿、按摩、针灸工作，手法规范、其治疗项目有：捏脊、挑食、针灸、穴位注射、外敷疗法、推拿、按摩等，尤其是对青少年假性近视眼按摩、婴幼儿精神运动发育迟缓具有治疗特色。