南京脑科医院病理科由王慰曾院长于1951年创建，是国内开展神经病理较早的单位。1981年开展脑脊液细胞学检查，80年代末又开展了肌活检。至2020年12月，脑脊液细胞学检查近8万人次，肌活检近3千例，脑肿瘤活检4千余例，尸体解剖200余例，并建立了省内唯一的脑脊液库、肌活检库及脑肿瘤库。多年来，我科在王慰曾、陈怡等几代专家的努力下，开展了大量神经病理临床及研究工作。1990年以来，先后承担了省、市多项科研课题，完成了“脑血管钩端螺旋体病的临床及病理”、“对称性基地节钙化”、“脑膜癌病”、“致死性脑震荡”、“隐球菌性脑膜炎的脑脊液检查”、“Wernicke脑病”“Acute Infectious torticollis”、“Amaurotic Family Idiocy in China”、“脑膜癌病早期诊断方法研究”等研究十余项研究课题，并获江苏省科技成果三等奖一次，省卫生厅科技成果一等奖一次，南京市科技成果三等奖二次和南京市卫生局科技进步奖一次。我院在国内首次发现了包涵体肌病、线粒体肌病、脂质沉积症及糖原累积症等疾病。目前我科开展的工作主要有1、神经病理、脑外科标本检查；2、脑脊液细胞学检查，我科是国内较早开展此项工作的单位，累计已达约8万人次，对中枢神经系统感染、寄生虫病及颅内肿瘤的诊断有非常重要的意义。目前业务范围除南京地区外还延伸到全国各地。已举办多期国家级继续教育培训班。3、肌肉病理活检，此项检查是肌病确诊的唯一手段。我科目前已经积累了数千例肌活检标本，是国内开展肌活检数量、项目最多的科室之一；并在国内首先发现了包涵体肌炎、线粒体肌病、脂质沉积性肌病及糖原累积性肌病等。4、特殊检查：我科还开展免疫组化、分子病理及电镜等检查项目，进一步拓展了上述检查的确诊范围。5、组织库，我科于2000年初，开始建立了省内唯一、华东地区最大的脑脊液、肌病及脑肿瘤的新鲜标本的组织库；科内存有大量病理资料，并保存了前中央大学及从国外带回的一批神经病理资料；为相关科研提供了广泛的病例资料来源为，科室的可持续发展提供了保障。设备及技术病理科目前拥有组织包埋机、石蜡切片机、冰冻切片机、超薄切片机、自动脱水机、常规及免疫组化自动染色机、超低温冰箱、细胞离心机、多功能显微镜、图象分析仪及数字切片扫描仪等大、中型病理设备。能开展近百种特殊染色、酶组化染色、免疫组化标记、原位杂交、DNA分析及形态定量分析；并能够进行电镜标本的早期制作。病理科现有医技人员6人，其中高级职称3人，中级职称2人，初级职称1人。医师3名，技师3名。