南京医科大学第二附属医院神经外科，是省内较早开展神经外科常规手术的科室，神经外科现拥有床位38张（含6张监护床），近期床位将扩大至40张。医生7人，副主任医师以上人员3名。博士2名，余均硕士学历。

科室拥用先进的手术显微镜，配套显微器械，颅底神经内镜以及价值近200万元人民币的“细胞刀”，使神经外科在省内较早进入显微神经外科时代，科室在治疗脑血管病，颅内脊髓各类肿瘤方面进入了微创时代，特别是在颅内动脉瘤的手术治疗达到了国内先进水平，并率先在省内开展颅底神经内镜应用。此外三叉神经痛，帕金森氏病，癫痫病都在这时得到了准确治疗。在科主任，学科带头人李英斌教授的带领下，科室与美国，法国，韩国等国神经外科基地建立了长期联系。