牡丹江市中医医院针灸科，是全国针灸临床研究中心牡丹江市分中心，市级重点专科。科室设有治疗床位50张，拥有医生6名，其中省、市级名中医1名，主任医师3名，副主任医师2名，硕士1名，市重点人才2名。

科室以传统的中医绿色诊疗方法，如针刺运动疗法.头穴丛刺疗法、艾灸、刮痧、推拿、耳穴疗法、放血疗法、拔罐疗法、电磁灸疗法、穴位注射、穴位按压、穴位药敷等，同时结合现代科学理疗仪器治疗各种常见疾病，疗效显著，安全绿色，无副作用。

科室主治神经系统疾病（面瘫、头痛、各部神经痛、眩晕、中风偏瘫、语言障碍、睡眠障碍、焦虑抑郁等)、骨科及运动系统疾病（肩周炎、颈椎病，腰突症、强直性脊柱炎等）、脾胃疾病（胃痛、呕吐、呃逆、嗳气、便秘等）、妇产科病症（痛经、闭经、崩漏、带下等）、五官科疾病（视神经萎缩、视神经痛、眼睑下垂、鼻炎、耳鸣、耳聋等）、男性疾病（不育、遗精、阳痿、早泄、前列腺炎等）。

同时开展对于亚健康、增强免疫力、抗衰老、美容、减肥等的多种养生保健项目，是牡丹江市独有的绿色治疗方法。此外，针灸科常年开展“冬病夏治”、“冬病冬治”，主要风湿痹痛、面瘫、头痛、颈椎、哮喘、慢性气管炎、鼻炎、颈肩腰腿痛等疾病。